Rに関するakihiro-matsuiのブックマーク (30)

  • 14. ベクトル計算

    ベクトル同士の計算 同じ長さ同士のベクトルの演算 (算術演算,論理演算,比較演算) は,対応する各要素の演算となる.すなわち,普通の数字と同様に + (加算),- (減算), * (積), / (商), %/% (整数商),%% (剰余),^ (べき乗) が行える. c(1, 2, 3) + c(4, 5, 6) # c(1+4, 2+5, 3+6) [1] 5 7 9 c(1.0, 2.0) * c(3.0, 4.0) # c(1*3, 2*4) [1] 3 8

  • median normalization in limma

  • R 大量の変数間の相関行列を求め、有意で相関の高いペアのみ抽出する - Qiita

    目的 Rの標準で入っているライブラリlibrary(stats)の関数cor.testを使い、変数間の相関行列を求めます。 Rでは、変数のデータフレームを与えて一気に変数間の相関行列を出力させることが可能です。ですが変数が膨大にある場合、相関行列が出力されてもその読みとりは困難です。そこで、相関が強いと判定されたペアのみデータとして出力するスクリプトを作りました。 想定 「相関が強い」の閾値は、絶対値で0.4としています。 母相関係数の無相関の検定の有意水準は5%です。 アウトプットイメージ こんな感じになります(結果はダミーです)。 i列とj列:変数の列番号 cor: 相関係数 p_val : p値 データ準備 全ての列が量的な変数のデータ。 (factorの変数があれば、あらかじめ除去します) 変数ラベルリスト データとは別に変数ラベルリストを用意。 下記のvar_no は連番 ファイ

    R 大量の変数間の相関行列を求め、有意で相関の高いペアのみ抽出する - Qiita
  • Rで複数のヒストグラムを比較する方法あれこれ

    2つ以上のヒストグラムを1つのグラフ上に描画して、比較したいようなときってありますよね。 例えば、集団aのテストの点数と、集団bのテストの点数が、それぞれ1000件ずつあるとしましょう。

    Rで複数のヒストグラムを比較する方法あれこれ
  • Rのduplicated関数を使ってデータフレームの重複チェック(改)

    duplicated関数の引数にデータフレームを指定すると、すべての項目(列)を組み合わせた上での重複チェックができますよ、という話を以前書きました↓ Rのデータフレームで複数項目を組み合わせた重複のチェック - Rプログラミングの小ネタ また、上記の記事では、すべてではなく一部の項目のみを組み合わせ対象にしたい場合は、interaction関数を使って新たにチェック用の列を作ってはどう?、というやり方も紹介しました。 が、duplicated関数がすべての列を対象にする動きなら、対象にしたい列だけで構成された新たなデータフレームを生成して、duplicated関数に渡した方がシンプルではないか、ということに気づきました。 例えば↓こんなデータがあって、 > d 名字 名前 年齢 1  伊東 二郎   52 2  佐藤 五郎   52 3  遠藤 太郎   53 4  後藤 太郎   53

  • Livedocs.net

  • R -- 2 群のヒストグラムを描く

    2 群のヒストグラムを描く     Last modified: Aug 27, 2007 目的 2 群のヒストグラムを描く。 使用法 hist2(x1, x2, brks=NULL, ...) 引数 x1 第一群のデータ x2 第二群のデータ brks 階級分割点(NULL のときは適切に計算) ... barplot に引き渡す任意の引数 ソース インストールは,以下の 1 行をコピーし,R コンソールにペーストする source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/hist2.R", encoding="euc-jp") # 2 群のヒストグラム hist2 <- function( x1, # 第一群のデータ x2, # 第二群のデータ brks=NULL, # 階級分割点 ...) # barplot に引き渡す任意の引数 { if (is.

  • 認証がかかっています

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    akihiro-matsui
    akihiro-matsui 2010/12/14
    ブートストラップ法
  • JIN'S PAGE

    R、R言語、R環境・・・・・・ Rのダウンロードとインストール リンク集 題名 Chap_01 データ解析・マイニングとR言語 Chap_02 Rでのデータの入出力 Chap_03 Rでのデータの編集と演算 Chap_04 Rと基統計量 Chap_05 Rでの関数オブジェクト Chap_06 Rでのデータの視覚化(1) Chap_07 Rでのデータの視覚化(2) Chap_08 Rでのデータの視覚化(3) Chap_09 GGobiとデータの視覚化(Rgobi) Chap_10 Rと確率分布 Chap_11 Rと推定 Chap_12 Rと検定 Chap_13 Rと分散分析 Chap_14 Rと回帰分析 Chap_15 Rと重回帰分析 Chap_16 Rと一般化線形モデル Chap_17 Rと非線形モデル Chap_18 Rと判別分析 Chap_19 Rと樹木モデル Chap_20 WEK

  • R言語プログラミング: データ型・操作 - hamadakoichi blog

    統計解析・データマイニング言語である R言語のデータ型・操作をソースコードを用い紹介する。記載しているソースは、R Console上や EclipseでR-Scriptとして、そのまま実行可能である。 R Consoleでの実行例  (Rのインストール・環境設定はこちら) EclipseでのR-Scriptとしての実行例  (RをEclipseで実行するための方法はこちら) R のデータ型 Rのデータ型には integer(整数), numerical(実数), complex(複素数), character(文字), logical(論理)、および、Vector(ベクトル), matrix(マトリクス), data.frame(データフレーム), array(配列), list(リスト)がある。以下にそれぞれ説明する。 Vector 1次元(1行または1列)のデータセットを Vector

    R言語プログラミング: データ型・操作 - hamadakoichi blog
    akihiro-matsui
    akihiro-matsui 2010/09/29
    データの型:デーブルデータで、全て数値の場合はマトリクス、文字数値が混在している場合はデータフレーム。ラベルは別。
  • 2009-05-19

    はじめに 続きを読む 準備 環境は一応Windowsを前提としておきます。 R のインストールを参考に。現時点では2.9.0が最新版みたいですね。 早速使う インストールが済んだら早速起動してください。 コンソールが表示されます。コンソール上で対話的にプログラミングをすることもできますが、すぐに面倒になるのでコードはファイルに書くことにします。 作業ディレクトリ Rを起動すると、デフォルトの作業ディレクトリがマイドキュメントになっています、たぶん。念のため'getwd()'関数でチェックしておきます。作業ディレクトリを変更するには'setwd()'関数で。もし、マイドキュメント内に'R'フォルダを作ってそこで作業をするなら、 > setwd("./R")みたいなかんじで変更しておきましょう。 Hello Worldってやつ(いわゆる出力) 作業ディレクトリに'hello.R'というファイル

    2009-05-19
  • https://www.msu.edu/~hanada/tips/tips.htm

  • 一元配置分散分析

    $F_0 = 4.6146$ となる。 検定統計量 $F_0$ は,第 $1$ 自由度が $df_{b}( = k - 1 )$,第 $2$ 自由度が $df_{w}( = n - k)$の $F$ 分布に従う。 例題の場合,自由度は $df_{b}= 2$,$df_{w} = 9$ である。 第 $1$ 自由度が $df_{b}$,第 $2$ 自由度が $df_{w}$ の $F$ 分布において,有意確率を $P = \Pr\{F \geqq F_0\}$ とする。 $F$ 分布表($\alpha = 0.05$,$\alpha = 0.025$,$\alpha = 0.01$,$\alpha = 0.005$),または $F$ 分布の上側確率の計算を参照すること。 例題では,自由度が $(2, 9)$ の $F$ 分布において,$\Pr\{F \geqq 4.26\}= 0.05$ で

    akihiro-matsui
    akihiro-matsui 2009/12/25
    one-way ANOVA 一元配置分散分析
  • Microsoft Office ホームページ

    Your current User-Agent string appears to be from an automated process, if this is incorrect, please click this link: United States English Microsoft Homepage

    akihiro-matsui
    akihiro-matsui 2009/12/17
    Microsoftとcore R teamによって64bit版Rが開発されている。permutation testが楽になるだろうか?
  • R による統計処理

    「Rによる統計解析」 オーム社 刊 サポートページ 目次 第1章 Rを使ってみる 第2章 データの取り扱い方 第3章 一変量統計 第4章 二変量統計 第5章 検定と推定 第6章 多変量解析 第7章 統合化された関数を利用する 第8章 データ分析の例 付録A Rの解説 付録B Rの参考図書など はじめに R とは何か,何ができるかのリンク集(日のもののみ) R を使うためにはどうしたらいいの? データなどの読み書き R の定石(R に限らずプログラミングの定石も) R を使って実際に統計解析をする AtoZ 一連の流れ データファイルの準備をする 分析してみる 分析結果を LaTeX で処理したり,ワープロに貼り込んだりする 道具立て 連続変数データをカテゴリーデータに変換 カテゴリーデータの再カテゴリー化 度数分布表と度数分布図の作成 散布図・箱髭図の描画 クロス集計(独立性の検定,フィ

  • R -- マン・ホイットニーの U 検定

    マン・ホイットニーの U 検定     Last modified: Aug 20, 2009 目的 マン・ホイットニーの U 検定を行う (R には,等価な検定を行う関数 wilcox.test が用意されている) 使用法 二つのデータベクトルを与えるとき U.test(x, y, correct=FALSE) U.test(x, y) 2 行 k 列の分割表を与えるとき U.test(x, correct = FALSE) U.test(x) 引数 x 第一群の観測値ベクトルまたは,分割表データ(y=NULL) y 第二群の観測値ベクトル correct 連続性の修正を行うかどうかを示す correct=FALSE のときには,連続性の修正を行わない correct=TRUE のときには,連続性の修正を行う この引数が省略されたときは,連続性の修正を行う ソース インストールは,以下の

    akihiro-matsui
    akihiro-matsui 2009/05/28
    サンプル数が40より大きいとき、検定量Uが正規分布にのる事を使用して、Z値、P値を出している
  • 一元配置分散分析

  • Rでお手軽にアレイ解析

    はじめに Rの基的な使い方 Affymetrix GeneChipデータの正規化 クラスタリング 発現変動遺伝子の同定(ランキング) 1. はじめに 統計解析フリーソフトRの最新版(2007/10/16現在、R-2.6.0 for Windows)を東京大学のFTPサイトからダウンロードしたい場合: R-2.6.0-win32.exeをクリックして「実行する」を選択 聞かれるがままに「次へ」などを押してとにかくインストールを完了させる インストールが無事完了したら、デスクトップに出現する「R2.6.0」アイコンをダブルクリックして起動 以下を、「R コンソール画面上」でコピー&ペーストする(どこからダウンロードするか?と聞かれるので、一番近いサイトを指定) #------ ここから ------ source("http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

  • (Rで)マイクロアレイデータ解析

    (Rで)マイクロアレイデータ解析(last modified 2023/05/24, since 2005) お知らせは主に(Rで)塩基配列解析で行っておりますのでそちらをご覧ください。(2018/11/21) アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、生命情報解析研究室 What's new? アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大なページとして構成していたためですが、章ごとのページに変更することで解決しました。(2023/05/24) このページに取り残されていた2014年出版のトランスクリプトーム解析というのWeb資料情報を「(Rで)塩基配列解析」に移行しました。(2022/12/24) バイオDBとウェブツール ラボで使える

  • R による統計処理

    R による統計処理     Last modified: Sep 08,2009 リンク(50 音順) 石田基広さん R と Linux と... 岡田昌史さん RjpWiki 奥村晴彦さん 統計・データ解析 奥村泰之さん 無料統計ソフトRで心理学 -Passepied- 里村卓也さん マーケティング・サイエンスの道具箱 竹内昌平さん R on Windows 田畑智司さん 統計解析言語 R で多変量解析を行う 中澤港さん 統計処理ソフトウェア R についての Tips R 関連文書邦訳 pdf 版 濱岡豊さん データとの対話(情報処理 3) 『経済・経営のための統計学』(第 8 章;有斐閣) 山義郎さん R - 統計解析とグラフィックスの環境 R 入門 メディアラボ株式会社 Linux で科学しよう! - R 直前のページへ戻る   E-mail to Shigenobu AOKI