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概要 目的の異なるいくつかのBEDに関係する処理を行うプログラム群です。 BEDファイルの処理というより... 概要 目的の異なるいくつかのBEDに関係する処理を行うプログラム群です。 BEDファイルの処理というよりは、ゲノム上にあるアノテーション情報の和をとったり、差をとったり、積をとったり、配列を切り出したりします。 BEDtoolsという名称ですが、殆どのプログラムはBED以外にGFF,VCFも同様に扱えるようです。 注意 BEDtoolsは経験上BED6の情報しか考慮していません。BED12フォーマットでは、exon-intron構造や、CDSの開始/終了を定義できますが、これらの情報は無視されます。以下確認済みの subtractBedでは7カラム目以降は全く修正されず、入力そのままが出力されます。 fastaFromBedでは開始座標から終了座標が切り出されます。ブロックの開始位置、ブロックの長さは無視されます。 仕様の詳細確認 BEDtools coverageBEDの詳細仕様確認 プ