サクサク読めて、アプリ限定の機能も多数!
トップへ戻る
おみそ汁
satoshithermophilus.hatenablog.com
今年読んだ一番好きな論文2017にエントリーしたので、論文紹介の記事をブログに書いてみようと思います。 adventar.org このブログで論文紹介もしたいなあと思っていたんですけど、就活と研究で色々忙しくって書けてなかったのでこれを機にもうちょっと書きたいです。 ブログではImageJのこととかPythonのこととか書いていますが、僕の専門はタンパク質とかなので、紹介するのもタンパク質のお話になります。 さて、今回紹介したいのは、この論文です。 Evolutionary drivers of thermoadaptation in enzyme catalysis Science 20 Jan 2017: Vol. 355, Issue 6322, pp. 289-294 DOI: 10.1126/science.aah3717 science.sciencemag.org 進化の歴史
目次 目次 米粒自動解析プログラムの概要 コード 練習問題 米粒自動解析プログラムの概要 satoshithermophilus.hatenablog.com 上の記事で解説した米粒の解析を自動化した Jython script です。 フォルダを選ぶダイアログを開き、 フォルダ内の tif 画像をすべて読み込み上記の記事で解説したのと同様の解析をし、 米粒の数を表示して、二値化画像と米の Roi と解析結果を保存する。 というプログラムになります。 また詳細に解説を書く予定ですが、とりあえず ImageJ + Python でできることの例としてアップします。 サンプル画像 rice.tif を save as で違う名前で複数自分のPCに保存して*1、このコードを ImageJ Fiji の text window にコピペして、Language > Python を選択して実行してみ
目次 目次 この記事について マクロの記録と実行 フォルダの中の画像に対して同じ処理をする 簡単に解説 この記事について この記事では、細かい仕組みなどは脇に置いといて ImageJ での解析のついて記述します。主に ImageJ のマクロと Python(Jython)で書いていきます。解析の自動化の便利さを知ってプログラミングに足を踏み入れるきっかけになれば幸いです。 解析の例として、いつもと同じで芸がないですが米粒のカウントを例にして説明します。 ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう 米粒の画像は EMBL > Samples > rice.tiff で開けます。 マクロの記録と実行 マクロとは、『パソコンで、複雑な操作の手順をあらかじめ登録しておき、必要なときに簡単に実行させる機能。』デジタル大辞泉 です。ImageJ にもマクロの記録と実行機能があり、これを用いることで
目次 目次 後編について 8. モジュールのインポート 9. 画像データを扱う imagePlus 練習問題 10. ImageJ の機能を活用する 11. 例1. 砂嵐のような画像を作る 12. 例2. 米粒のカウントを複数の 画像に対して自動で行う 後編について さて、これまで前編と中編では Python の基本について書いてきましたが、いよいよ ImageJ の機能を使いこなして解析の自動化などに関係することを書いていこうと思います。前編と中編の記事はこちら。 satoshithermophilus.hatenablog.com satoshithermophilus.hatenablog.com 8. モジュールのインポート 大抵のプログラミング言語は基本的な最小限の機能しか備えていません。そこで行うのが「モジュール」のインポートです。モジュールのインポートを行うことでさらに高度な
目次 目次 ImageJ について Fiji について Fiji のインストール Windows へのインストールについて Mac へのインストールについて Linux へのインストールについて 論文への引用 ImageJについての書籍やリンク ImageJ について ImageJとは、Java というプログラミング言語で書かれた画像解析のためのソフトウェアです。 ImageJ - Wikipedia ImageJ はオープンソースソフトウェア、つまり、どういういう仕組みでプログラムが書かれているかが公開されています*1。Java で書かれているので、OS に依存せず Windows、Mac、Linux 上で同様に動作することが特徴です。 オープンソースで、かつ誰もが自由に使うことができ、プログラムが画像をどういう処理をしているかが明確なので科学技術計算に向いているため、広く使われています
目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴(この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません) ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、スクリプトを書くためのエディターと実行するための機能が付属しています。ImageJ のスクリプトは幾つかのプログラミング言語や元々の ImageJ のマクロを用いて記述でき、その中に Python (厳密に言うと Java 上で実装された Python なので Jython になります)が含まれています。ImageJ 上での Python のエディターと実行のための機能は元々の ImageJ は付属していないため、Python を ImageJ で動かすためには
目次 目次 概要 動画 米粒の画像を開く 閾値を決める バックグラウンドの減算 米粒のカウントと定量的解析 謝辞 概要 ImageJ には色んな機能がありますが、一方で使い始めたばかりの時はコマンドの多さに圧倒されてしまいます。目的の解析をするためにいったいどのコマンドを選べばいいのかよくわからない状態になりがちです。 そこで、この投稿では「米粒の数を数える」「それぞれの米粒の大きさ・輝度・形の情報を定量的に解析する」という作業を通して ImageJ の機能を体験してもらおうと思います。 今回は例として米粒を解析しますが、米粒を細胞に置き換えればあなたの研究に応用できるかもしれません。 今回の解説は ImageJ Fiji で行うことを前提に書いています。Fiji について、Fiji のインストールについてはこちら。 ImageJ Fiji のインストールと Fiji - バイオ系だけどプ
このブログについて ImageJ ImageJ の画像解析について解説 ImageJ Fiji のインストールと Fiji 画像データの基本 ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう 10分でできる ImageJ 自動化 ImageJ + Python ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(前編) ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(中編) ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(後編) ImageJ + Python の活用例:自動米粒解析プログラム ImageJ + Python の活用例:ランダムな砂嵐画像を作るプログラム Python バイオ系だけど Python を始めよう バイオ系だけどまずはプログラムを動かしてみよう メニュー ImageJ のメニューは画像解析の目的ご
このページを最初にブックマークしてみませんか?
『バイオ系だけどプログラミング始めました』の新着エントリーを見る
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く