【RDFポータル】過去URLでのアクセスを終了しました (新URLをご利用ください) - NBDCNBDC RDFポータルは、先日ご案内のとおり、サービス提供者変更に伴い2023年9月末をもってアクセスいただけなくなりました。長らくのご利用ありがとうございました。 今後は、本事業の一環でライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）が提供する「RDFポータル」をご利用ください。
国際標準化されたデータが、生命を語り始める。 | データ中心科学 リサーチコモンズ Data Centric Science Research Commons
ゲノムという膨大なデータで科学の進歩やイノベーションが見込まれるバイオ分野は、いち早くデータベース化に取り組んできました。アメリカではNCBI（The National Center for Biotechnology Information）、ヨーロッパではEBI（Part of the European Molecular Biology Laboratory, The European Bioinformatics Institute）そしてこれらの日本版であるDDBJ（DNA Data Bank of Japan）が、遺伝情報のデータベースの一元化に成功しています。これらとも連携して、日本の大学・研究機関・医療機関などが蔵する多種多様なライフサイエンスのデータベースの統合化を担うのが「ライフサイエンス統合データベースセンター（Database Center for Life Sci
Bioclipse
Bioclipse 2.6.2 released! Nov 4, 2016: Bioclipse 2.6.2 is now released and available for download from SourceForge. The release contains bugfixes and compatibility improvements. The original 2.6 release brought new features and bug fixes in cheminformatics and drug discovery, including improved QSAR functionality, site-of-metabolism prediction, semantic web functionality, browsing of large compoun
BioStudies < The European Bioinformatics Institute < EMBL-EBI
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RDF/Jena: a simple extension for XSLT/XALAN. Testing with NCBI-Gene
In a previous post, I've shown that the XALAN XSLT engine can be extended with custom function returning a DOM Document that will be used by the xslt-stylesheet. Here, I'll create an extension for XALAN getting some RDF statements from a Jena/RDF model. The RDF model will be loaded in memory but one can imagine to use a persistent model ( TDB or SDB). I'll download a record from NCBI-gene, transfo
RDFScape : Home Page
Check the News section for up2date information on RDFScape !!! RDFScape is a project that brings Semantic Web "features" to the popular Systems Biology software Cytoscape. It allows to query, visualize and reason on ontologies represented in OWL or RDF within Cytoscape. A full list of features is reporte in Features. Unlike other ontology-based features in Cytoscape, RDFScape doesn't consider onto
Tabular data to RDF
Using a modification of the Mapper program, we converted the tab-delimited tabular format of the data files into an RDF format that preserved the table structure, column names, and data types. In a future scenario that we anticipate, the data would be already formally described in OWL by the data provider. Lacking such a schema, we construct the data model ourselves. Table 2: Data in RDF <?xml ver
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Announcing the EBI RDF Platform: But what does it mean for you?
UTProt :: ホーム
Minting RDF from CSV files with Bioclipse #MIILS2013
http://www.biointerchange.org/
smarti2b2.org - smarti2b2 リソースおよび情報
EMBL-EBI homepage
ChEMBL-RDF as part of the Linked Open Data cloud?
RDFScape
[Bioperl-l] experimental IO module for exporting OWL from GFF
[Biohack3] GFF3 to RDF
Bio2RDF: Large Scale, Distributed Biological Knowledge Discovery
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