データからの知識発見('12)
講義一覧 > データからの知識発見 > Last Modified: 1章 2章 3章 4章 5章 6章 7章 8章 9章 10章 11章 12章 13章 14章 15章 訂正等 このサイトついて このWebサイトは秋光が主任講師を担当している 放送大学の専門科目 「データからの知識発見('12)」 のための補助資料などを掲載しています. 科目は平成27年度で閉講しました。 資料については各章ごとにページを分けています. 上記のナビから見たい章を選んでご利用ください. これらのページは放送大学の学生や講義の受講生に限らず, 一般に公開しています. 受講生以外の方がご利用になるのは自由ですが, 自己責任にてご利用ください. また, このサイトのデザインや内容については予告なく変更することがあります. サイトをご覧になったからのお問い合わせについては 必ずしもお返事できるとは限りませんが, 修
ピーク検出 - 捨てられたブログ
『R でバイナリを読む』で， R でピーク検出すればベースコールができるという話を書きました。 R には Peaks というパッケージがあり，ピーク検出が容易にできます。これを用いてベースコールを行ってみます。 いま chromat にはシークエンサーが読み取った蛍光強度の時系列データが入力されているとします。ピーク検出は SpectrumSearch で行えます。 # install.packages("Peaks") library(Peaks) peak.A <- SpectrumSearch(as.numeric(chromat$A)) ここで， peak.A$pos には，ベクトル chromat$A の検出されたピークの位置 (ベクトルのインデックス) が含まれます。したがって， AGCT のすべての塩基でこれを繰り返し， インデックス順にソートすれば，そのまま塩基配列になりま
Rを使えるようになるための10のこと - Issei’s Analysis ～おとうさんの解析日記～
Rは統計解析を行うことができる強力なツールです。計算上の信頼性はとても高く、世界中の分析者が日々分析用パッケージを公開しております。近年では行政機関で使われているという事例もちらほら聞きます。 ・姫路市役所での事例 これまでSASは使ってきたけどRは全く使ったことがない！JAVAとかC++とかガリガリ書けるけどRはよく分からない！という方々がすんなりRの世界に入れるよう、資料の探し場所や導入部分をまとめておきます。 ※まだ不完全ですが情報を入手し次第アップデートしていきます。 1. 資料を探す場所 CRAN R本体、パッケージ、PDF資料などの置き場 Task Viewに分野ごとのまとめ Searchでパッケージや資料の検索 CRANの読み方は「しーらん」派と「くらん」派でわかれる（どっちでもいいw） Rjpwiki 日本語で書かれている、これまでのRに関する資料の集大成 データの加工技、
u-127 のブログ: Ruby から統計言語 R を使う
Ruby から統計言語 R を使うための設定。 ウェブ上にもいろいろと情報があるけど、同様に操作してうまくいった例。 うまくいかなかったのは、どこかで操作ミスしてるんだろうけど。 os Ecolinux 8.04 (Ubuntu 8.04 相当) ruby 1.8.6 R 2.6.2 RSRubyを導入 --------------------2010/04/23 追記-------------------- みんなどうやってインストール方法を調べてるんだろうと思ったら、ちゃんとレファレンスマニュアルがありました。 この作者ときっとすれ違ったことがあるぞ。 あの頃もっとプログラム勉強しとけばなぁ。
Ruby - RjpWiki
RSRuby † 日本で博士研究員をしている Alex さんが RSRuby を開発しています。 以下のようなことができるものがリリースされています。（なかお） require 'rsruby/rsruby' r = RSRuby.new r.dnorm(10, 0, 1) ary = r.rnorm(100) ary.class #=> Array r.sample(ary, 10).size #=> 10 r.seq(1, 10, 2) #=> [1, 3, 5, 7, 9] r.sum(r.seq(1, 10, 2)) #=> 25 r.example("plot") IO.popen("open Rplots.ps") require 'pp' t_test = r.call_R("t.test", r.rnorm(10), r.rnorm(10)) pp t_test # 0
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