新型コロナウイルス・ゲノム疫学解析によるクラスター対策 2019年末の中国・武漢市で初めて確認された新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は、2020年１月に国内で初めて感染者が確認された。その後、現在まで地域的な感染クラスター（集団）とその集合体による複数回の感染ピークを生じている。自治体の積極的疫学調査を支援すべく、SARS-CoV-2（一本鎖プラス鎖RNAウイルス、全長29.9 kb）のゲノム配列を確定し、感染クラスターに特有な遺伝子情報およびクラスター間の共通性を解析している。これまでに３回にわたってゲノム情報が示す国内伝播の状況を概説してきた（2020年4月27日1）、2020年8月6日2）、2020年12月11日3））。また、日本国内4,5）、ダイヤモンド・プリセンス号の乗員乗客6）、空港検疫所の陽性検体7）より確定されたSARS-CoV-2ゲノム配列の解析については学術誌

国立感染症研究所病原体ゲノム解析研究センター 原文PDF版のダウンロード 新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム上にランダムに発生する変異箇所の足跡をトレースすることにより、感染リンクの過去を遡り積極的疫学調査を支援している。この調査により、これまでの経過は以下の様に説明できると考えている。中国発から地域固有の感染クラスターが発生し、“中国、湖北省、武漢”　をキーワードに蓋然性の高い感染者・濃厚接触者をいち早く探知して抑え込むことができた。しかしながら、３月中旬から全国各地で欧州系統の同時多発流入により“感染リンク不明” の孤発例が検出されはじめた。数週間のうちに全国各地へ拡散して地域固有のクラスターが国内を侵食し、３−４月の感染拡大へ繋がったと考えられる。現場対策の尽力により一旦は収束の兆しを見せたが、６月の経済再開を契機に　“若者を中心にした軽症（もしくは無症候）患者”　が密か

1 病原体検出マニュアル 2019-nCoV 令和 2 年 2 月註 註）HP での公開用に多少の文言修正・追加はありますが、基本的な検査内容は、すでに地方衛生 研究所にお配りした「2019-nCoV 検査マニュアル Ver.2.1（令和 2 年 1 月 28 日）」と同じになっており ます。 新型コロナウイルス （2019-nCoV） の遺伝子領域２か所、 open reading flame 1a (ORF1a) および spike (S) を特異的に検出する 2-step RT-PCR 法、 あるいは TaqMan プローブを用 いたリアルタイム one-step RT-PCR 法による遺伝子検査により 2019-nCoV を同定する。 【操作法】 1．検体の採取と保存 「2019-nCoV(新型コロナウイルス)感染を疑う患者の検体採取・輸送マニュアル」 （国立感 染症研究所ホームペ

(2020年2月19日掲載) 英語版はこちら 背景 クルーズ船ダイアモンドプリンセス号（以下クルーズ船）は、2020年1月20日、横浜港を出発し、鹿児島、香港、ベトナム、台湾、および沖縄に立ち寄り、2月3日に横浜港に帰港した。この航行中の1月25日に香港で下船した乗客が、1月19日23日から咳をみとめ、1月30日に発熱し、2月1日に新型コロナウイルス陽性であることが確認された。そのため、日本政府は2月3日横浜港に入港したクルーズ船に対し、その乗員乗客の下船を許可しなかった。2月3日からの2日間、全乗員乗客の健康診断が検疫官により行われ、症状のある人、およびその濃厚接触者から新型コロナウイルスの検査実施のために咽頭ぬぐい液が採取された。2月5日に検査結果よりCOVID-19陽性者が確認されたことから、クルーズ船に対して同日午前7時より14日間の検疫が開始された。この時点でクルーズ船には、乗客

Background: A cruise ship, named the Diamond Princess, had travel that originated in Yokohama on 20 January and included stops in Japan (Kagoshima), Hong Kong, Vietnam, Taiwan and Japan (Okinawa), before arriving back in Yokohama on 3 February. During this time, a passenger who disembarked on 25 January in Hong Kong, has presented with cough since 19 23 Jan and was confirmed positive for Novel cor