JR北海道は11月7日、2016年度の線区別の収支状況を発表した。管理費を含めた営業損益は、2015年度に続き全線区で赤字。2016年8月に発生した台風被害で鉄道運輸収入が32億円減少するなど、深刻な経営状況が続いている。 全線区合計の営業損失は525億7600万円。2015年度に比べ113億9900万円悪化した。100円の収入を得るために必要な経費の指数(営業係数)は、2015年度より11悪化して166となった。災害復旧費などは特別損益として計上しており、線区別収支には含まれてない。 営業損失が最も大きかったのは、2015年度と同じ函館本線函館~長万部間の55億8600万円。これに札幌圏(札沼線桑園~北海道医療大学間、函館本線小樽~札幌~岩見沢間、千歳・室蘭本線白石~苫小牧間)の54億6700万円と、2016年3月に開業した北海道新幹線新青森~新函館北斗間の54億600万円が続いた。 釧