やったー！僕にもANOVAの原理がわかったよ！ - ほくそ笑む以前のエントリにも書いたけど、マイクロアレイ発現解析は基本的に2つのグループ間での発現量の比較をします。例えば「病気の人 v.s. 健康な人」とか「薬を飲んだ人 v.s. 飲んでない人」とかです。こういうときは2群間検定(t検定とか)を使えば発現量の差が有意な遺伝子を特定できます。 しかし、たまに癌のグレード(重症度)とかのデータでコントロール(健常者)のデータが無いときがあります。このとき比較したいのは「グレード1 v.s. グレード2 v.s. グレード3」という、3つのグループ間で発現量を比較することになります。 3つのグループ間での発現量を比較するときは、t検定のような2群間比較の手法を「グループ1 v.s. グループ2」「グループ2 v.s. グループ3」「グループ3 v.s. グループ1」のように複数回行えばできるのですが、検定には間違う確率が常に付きまとうので、何度も検定を繰
