生物情報工学 講義資料 農学部 生命化学・生命工学専修 清水謙多郎 担当 実習資料1 データベースの検索からタンパク質のグラフィックス表示まで 実習資料2 ゲノムネット 実習資料3 GeneScan 実習資料4 モチーフ検索 実習資料5 分子動力学法と構造ゲノム科学 本講義では、生命工学へのコンピュータの応用について、基礎となる概念、 手法を講義する。まず、計算化学(computational chemistry)の入門として、 分子モデリングと分子グラフィックス、エネルギー最小化計算、分子シミュレーション、 分子軌道法などを論じる。 次に、生命情報科学(バイオインフォマティクス, bioinformatics)の分野について、 データベースに蓄積された情報に基づくホモロジー解析の基礎的な手法から、 そうした情報をさらに広範に利用した生体分子の構造予測、 機能解析に関する研究まで、幅広く紹
前に86チャットで誰かがdiffを作ろうとしていて、長さ N, M の文字列に対して素朴に N * M の配列を確保していたせいで大きなサイズの入力でメモリを食い過ぎて破綻していたときに「動的計画法で端から埋めていくんだから、直前の1列だけ取っておくだけでいいでしょ」「いや、後でパスを求めないと行けないから全部持つ必要があるんだ!」「ないよ!パスの根元だけ参照で持っておけばいらないパスはGCで消えるでしょ!」という話をしたんだが、今ちょっと自分でも必要になったので作ってみた。うん、思った通りに動くな。 テストケースに書いてあるけど、実行すると下のような入出力になる。 >>> test("1", "001") in1: 1 in2: 001 (((), (0, 2)), 'D') out1: --1 out2: 001 >>> test("1", "100") in1: 1 in2: 100
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