Bio::ECell
NAME Bio::ECell - Perl interface for E-Cell Simulation Environment. SYNOPSIS # E-Cell way use Bio::ECell; my $ecell = Bio::ECell::new(); $ecell->loadModel("simple.eml"); $ecell->message("Message from Perl!"); my $logger = $ecell->createLoggerStub('Variable:/:S:Value'); $logger->create(); print $ecell->getCurrentTime(), "\n"; $ecell->run(100); print $ecell->getCurrentTime(), "\n"; my $data = Bio::E
Raku rules - Wikipedia
Raku rules are the regular expression, string matching and general-purpose parsing facility of the Raku programming language, and are a core part of the language. Since Perl's pattern-matching constructs have exceeded the capabilities of formal regular expressions for some time, Raku documentation refers to them exclusively as regexes, distancing the term from the formal definition. Raku provides
MacOSX::File and psync
dankogai@dan.co.jp MacOSX::File is a perl module that allows you to get and set HFS+ file attributes. And psync is a perl script that uses MacOSX::File to implement inclemental backup and restore. To find about MacOSX::File in details, check http://search.cpan.org/search?dist=MacOSX-File. TIGER USERS /usr/bin/rsync that comes with Mac OS X v10.4 (Tiger) now supports resource fork operation with -E
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わたし的棚ぼた一万円選書 急に千葉さんに手渡された封筒、開けてみたら1万円札が1枚。何ごとかと思えば、同期の出張を代わったお礼をもらったらしい。 「葵はワンオペで育児してくれたから」と半分わけてくれました。 泡銭の1万円 これはもう、わたし的1万円選書をしろという思し召しなのでは……
ITmedia エンタープライズ：第3回 XML::SimpleであらゆるXML文書を料理する (1/2)
第3回 XML::SimpleであらゆるXML文書を料理する：作って学ぶ、今どきのWebサービス（1/2 ページ） RSSにおけるXML::RSSのように、専用のモジュールがある場合にはそれを使えばよいのですが、そうでない場合は汎用のXMLパーサーモジュールを使ってパースすることになります。今回は、XML::Simpleを使ってあらゆるXML文書を料理できるようにしてみます。 前回まででXML::RSSによるRSSの料理方法は分かったとして、ではRSS以外のXML文書を料理する場合にはどうしたらよいのでしょう？ RSSにおけるXML::RSSのように、専用のモジュールがある場合にはそれを使えばよいのですが、そうでない場合は汎用のXMLパーサーモジュール*を使ってパースすることになります。 XML文書からPerlのデータ構造を作るXML::Simple Perlの代表的なXMLパーサーである
ArrangeBiblio - BUGJA - Bioperl Users Group in Japan
処理の流れ † 文献情報の入力を得る（PMID指定、PMIDリスト読み込み、ファイルから、など） 実際の文献情報を得る → $biblio_xml（普通のXMLテキスト） my $biblio_obj = Bio::Biblio::IO->new(...); # $biblio_xml →（Bio::Biblio::IO）→ $biblio_obj（Perl オブジェクト） while ($each_obj = $biblio_obj->next_bibref()) { 処理 } ↑ PMID（リスト）を指定して、abst. のXMLを得る † Bio::DB::GenBank? だと、きれいにNCBIを呼んでくれるようだが、これはそうでもないようだ。 3秒ルール（たくさん投げるときは3秒以上間隔をあける、など）に気をつけながら、処理するべし。 （http://eutils.ncbi.nl
2008-01-29
文献管理ソフトは、pdf ファイルの名前を pmid.pdf にするのが多そうだけど、手作業はめんどい。 => 誰か変換スクリプトを〜。 => ktkr http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1 => うまく text 抽出できない場合がある => 自分で書けないもんだろうか？ => Ruby で pdf から text 抽出どうやるのか見つからなかった ところが寝る前に HMDT3版を読んでいたら RubyCocoa*1 で pdf からの text 抽出が載っていた ので、ちょっと Nature とかの pdf から text 抽出して doi を抜き出せるか試してみた。 #!/usr/bin/env ruby # # Created by mako on 2008-01-29. # What? # This_script.rb extr
CPAN - CPANサイトからのperlモジュールの問い合わせ、ダウンロード、構築を行う
CPANモジュール v.1.58 by Hippo2000(2000/12/19) CPAN.pmなのです。 腰が抜けるほど、モジュールのインストールが簡単になるモジュールなのです。 作者はAndreas Koenigさんです。メールで了解をいただきました。 なお内容等が間違っていたら修正します。ご連絡ください。 変更履歴： Kentaro Shirakataさんからの指摘を受けて誤字を修正しました。(2002/2/1) 目次 名前 概要 説明 対話モード CPAN::Shell autobundle 再コンパイル ４つのCPAN::*クラス： Author, Bundle, Module, Distribution プログラマ・インターフェース ４つのクラスでのメソッド キャッシュ・マネージャ(Cache Manager) Bundles 必要条件 パッケージの検索とVE
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新米と秋刀魚のわた焼き お刺身用の秋刀魚を買いました。1尾250円です 3枚におろして、秋刀魚のわたに酒、味醂、醤油で調味して1時間ほど漬け込み、グリルで焼きました 秋刀魚のわた焼き わたの、苦味が程よくマイルドに調味され、クセになる味わいです 艶やかな新米と一緒に 自家製お漬物 土…
PerlスクリプトからRを起動する - RjpWiki
Perl 内部から R をバッチモードで実行 † 以下の Perl スクリプトを数値引数 num で実行すると、log(num) を R で計算する。R のプログラムファイルを Perl 中で作成し、それを < でバッチモードの R に引き渡すのがミソ。(ソース：r-help の記事) 実行結果を Perl の内部で受け取る方法は？ (-> Perl の達人のコメント求む) ########## Perl スクリプト ########################## #!/usr/bin/perl (($arg1) = @ARGV) || die "Must pass a numerical argument.?n"; $script = "/tmp/rwrap$$.R"; open(SCRIPT, ">$script"); print SCRIPT <<EOF; arg1 <- $a
Perl の正規表現のチュートリアル
NAME DESCRIPTION Part 1: The basics Simple word matching Using character classes Matching this or that Grouping things and hierarchical matching Extracting matches Matching repetitions Building a regexp Using regular expressions in Perl Part 2: Power tools More on characters, strings, and character classes Compiling and saving regular expressions Embedding comments and modifiers in a regular expre
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nexml - index of /nexml/perl/
http://www.avoidnote.com/archives/2005/07/coteditor_perl.php
Help Needed: Workflow for existing PDFs into Zotero
bioperl.org - Bioperl Documentation
OSDIR
Perl programs : 自作 プログラム スクリプト doi2pmid
http://www.sixapart.jp/movabletype/developers/naoya/archives/2004/07/cpan.html
PerlでMySQL操作CGIを作ろう（1/4）
http://d.hatena.ne.jp/courant/20060506/1146925142