GNU libiconvはJIS X 0213の符号化方式、Shift_JIS-2004 (Shift_JISX0213) や EUC-JIS-2004 (EUC-JISX0213) に対応していますが、コマンドを実行した際にこれらが入っていない場合もあり得ます。入っているかどうかはiconvのコマンドラインオプション --list で確かめられます。 これらの符号化方式に対応するには、ビルドする際にconfigureのオプション --enable-extra-encodings を指定しておく必要があるようです。インストールされているiconvコマンドでShift_JIS-2004が使えないときはこれが指定されていなかった可能性があります。もしこれらの符号化方式が入ってなかったら、管理者に相談するか、そうでなければ、自分でソースをダウンロードして上記のオプションを用いてビルドしてみるのも