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BioEditはDNAまたはアミノ酸配列のアライメントを編集するためのWindows用のフリーソフトである.ABIのシークエンスファイルを開いて波形を表示させることもできる. http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html からダウンロードすることができる.現在のバージョンは7.0.9.0. ソフトウエア自体はWindowsの標準的な方法でインストールでき,またメニューバー方式でコマンドを利用するようになっていて基本機能については「習うより慣れろ」式に憶えることができる.ただし,(1) 選択・コピー・ペーストに関連した機能の中に,標準的な動作と異なるところがある,(2) メニューがあまりに複雑なため,使いたい機能がどこにあるのかわかりにくい,(3) 特殊な機能の使い方がわかりにくい,といった理由で,BioEditは,はじめのうち使いにくいソフトで
phred/phrap/consedは米国ワシントン大学のProf. Phil Greenのプロジェクトで誕生したソフトである.ABIなどのオートシーケンサーのファイルからのベースコール(純正のベースコールよりも正確という),配列の連結(アセンブル),元の波形データを参照しながらのコンティグの編集という,買えば数10万円以上する高機能ソフトウエア一式が,アカデミックユーザーには無料で試用できる.ただし,アカデミックユーザーにはバグレポートが義務付けられている. インストールから始めるときにはこのまま,システム管理者からアカウントをもらってインストール済みのシステムを利用するユーザーは 4.ユーザー側の設定 以降を参考にされたい.ユーザー側の設定も誰かにしてもらった場合には5.ベースコールとアセンブル以降を参考にされたい. 1.ソフトの入手 http://www.phrap.org に入手の
最近はシステム間連携をはじめ、アプリケーションのデータ処理などにもXMLがよく用いられるようになっています。その流れの中でリレーショナル・データベースによるXMLへの対応がはかられています。しかし、一方で、リレーショナル・データベースでカバーしきれない要求に応えるべくネイティブXMLデータベースというものも存在します。本連載では、ネイティブXMLデータベースの一例として、オープンソースで手軽に利用できるXindiceを紹介していきます。 ■Javaで作られたXindice Xindiceは、The Apache Software Foundationのプロジェクトの1つとして開発されているネイティブXMLデータベースです。すべてJavaで実装されています。以前は、dbXML Coreという名前で開発されていたものでしたが、2001年12月にThe Apache Software Found
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