scRNAseq論文の図のtSNEて何？ - 日本の科学と技術

単一細胞（シングルセル）の遺伝子発現を解析（トランスクリプトーム解析; RNA seq）の論文では、下図のような、t-SNEをプロットした図がよく登場します。 このtSNE1、tSNE2というのは一体何でしょうか？ 生物学者は、細胞の種類がどれくらいあるのかを知るためのアプローチのひとつとして、個々の細胞内ではどんな遺伝子がどれくらいの量だけ発現（DNAからｍRNAに転写されたり、さらにタンパク質に翻訳されたりすること）しているかを調べ、その結果に基づいてそれらの細胞を分類しようと考えます。 近年の急速な分析技術の進歩により、細胞や分子の性質を、集団の平均値としてではなく、一つひとつの細胞や分子の個性を維持したまま解析することが可能になりました。シングルセルRNA-seq解析では細胞集団の転写産物を1細胞ごとに網羅的に解析します。そのため、細胞集団を構成する細胞がどう分類できるかが未知のま

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