[ゲノム解析] Circlatorで細菌ゲノムアセンブリの環状化処理を行おう！ - Qiita

Circlatorって？ 細菌ゲノムファイルの環状化の処理ツールです．細菌ゲノムは染色体とプラスミドに分けられ、一般的にどちらも環状化構造を取ります。 ナノポアリード（ONT配列）をアセンブリすると、ゲノムファイル（FASTA配列）として，染色体とプラスミドの配列が別々に取得できますが、これら配列両端に重複配列や足りない配列が含まれる可能性があります。環状ゲノムとして扱うには、重複配列の削除や不足配列の補填などの環状化処理をしなきゃいけないです．その時にCirclatorを使います． 本記事ではCirclatorの機能を紹介します！また，実際に筆者が使ってみた記録も残します．読者の方々には，Circlatorをどのような時に使うのか参考になれば幸いです．なお，説明はバイオインフォマティクス初学者に対応したものにしました． インストールしよう！ インストールはconda create -n