cifファイル中の分子をpy3Dmolを使って三次元的に重ね合わせ表示してみたよ - Qiita

分子の重ね合わせ表示 有機構造化学は有機物の結晶構造とその物性について検討する学問です。有機構造化学では、結晶中の分子同士の形状を比較したいってことがよくあります。比較したい分子同士の結合長やら二面角やら数値を比較しても良いのですが、二つの分子の三次元画像を重ねて表示しちゃえば直感的にもわかりやすいです。この分子の重ね合わせ表示の図は論文とかではよく見るのですが、自分でやろうとすると思ったような描画ができずなかなか大変です。 そこで、ここでは、有機構造化学の分野でよく用いられる結晶構造データであるcifファイルから分子一個の立体構造データであるmolファイルを取り出しpythonを用いて三次元の重ね合わせ表示を行う方法をまとめます。 本記事の内容は無料でできるのが強みです。また、pythonによる描画なので色、大きさ、表示形式、重ね合わせ方法など設定の自由度が高いです。しかし、初めてpyt