【Linux】遺伝統計ソフトPLINKでeQTL解析 - Qiita

はじめに 最近、遺伝統計ソフトのPLINKを使い始めた。 この本を参考にPLINKの使い方を勉強。 ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー この本はWindows用に書かれているので、Macでのやり方を備忘録的に書いていく。 今回は、PLINKでeQTL解析をやってみた。 参考 PLINKの基本的な使い方、GWAS解析方法は以前に投稿済み 【Linux】遺伝統計ソフトPLINKを使ってみた 【Linux】遺伝統計ソフトPLINKでGWAS 使うデータ bed|bim|fam形式ファイル SNP_QC.bed SNP_QC.bim SNP_QC.fam SNPをフィルタリング済みのファイル 表現型ファイル Exp_BLK.txt BLK遺伝子の発現量データ eQTL解析 eQTL解析では、遺伝子発現量という量的形質に対して解析するため、線形解析を行う。 使うコマンド一覧。 --pheno：GW