ImageJでOlympusViewerを用いてVSIファイルをTiffにする奴 - Qiita

背景 僕の研究室ではオリンパスの蛍光顕微鏡を使ってオリンパスのソフトで撮影して出力している。撮影したときのファイルがVSIファイルで、本来ImageJ等では扱えないファイル。 でも、それを可能にしてくれているのがFijiにも付属しているOlympusViewerというプラグインである。 上記のオリンパスのソフトでTiff出力をしたい所だが、なんか上手くいかないのでVSIファイルをImageJ(Fiji)上でTiffに変換して保存する方がその後の使い勝手が良いだろう、と言うことでちょっと開発した。 コード このコードはFijiのエディタで動かせるのでFijiでRunをクリックして使ってほしい。 from ij import IJ #Run Olympus viewer IJ.run("Options", " ") IJ.run("Viewer", "open=") imp = IJ.getI