CSVをサクっとSDFに変換する - Qiita

はじめに SDFをサクっとCSVに変換するの逆バージョン。 なぜこんなことをしたいかというと、SMILESが含まれたCSVの化合物データに対し、SDF形式でしか表現できない情報（3次元座標や原子プロパティ等）を付加したいため。 仕様 CSVの中のSMILESプロパティと、プロパティ項目を指定し、SDFとして出力 化学構造はSMILESを元に生成 プロパティ項目は1つだけ指定可能(とりあえず機械学習の目的変数を１つ入れたいだけなので) ソース import pandas as pd from rdkit import Chem import argparse def main(): parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument("-input", type=str, required=True) parser.add_argum