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AWS Batch でゲノムマッピングをしてみる - Qiita
echo 'mapping START' mkdir /fa_files mkdir /fq_files mkdir /sam_files # リファレンスファイルのダ... echo 'mapping START' mkdir /fa_files mkdir /fq_files mkdir /sam_files # リファレンスファイルのダウンロード aws s3 cp s3://my-gwf-bucket/fa_files/chr5.fa /fa_files/chr5.fa # インデックスの作成 bwa index /fa_files/chr5.fa # FASTQ ファイルをダウンロード aws s3 cp s3://my-gwf-bucket/fq_files/paired_1.fq /fq_files/paired_1.fq aws s3 cp s3://my-gwf-bucket/fq_files/paired_2.fq /fq_files/paired_2.fq # マッピング bwa mem -t 8 -o /sam_files/output.
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