[ケモインフォマティクス] smilesから分子構造を描画してExcelに入れる。 - Qiita

分子のデータをsmilesで管理することは多くあると思います。 一方、smilesは分子構造について他人に説明したいときや可読性についてはなかなか悪いため、構造が一目でわかる形で管理したいことはよくあるでしょう。 そこで、今回はsmilesのデータから構造を描画しExcelで管理する方法をまとめます。 ライブラリにはExcelを操作するopenpyxlと安定のrdkitを使います！ 準備 まず、適当なsmilesを準備します。 import pandas as pd import pubchempy as pcp properties = ['CanonicalSMILES', 'IUPACName'] benzene = pcp.get_properties(properties, 'benzene', 'name', as_dataframe=True) toluene = pcp.g