BiopythonでNCBIWWWを用いてBlast検索を行う時 - Qiita

BiopythonのNCBIWWWを用いてBlast検索を実行することができます。 Blast検索自体は簡単だが、その後、XMLファイルの読み込みは煩雑であったため、備忘録として処理方法を記録する。 本ページではGoogle Colaboratoryを用いて実行したものになります。 BLAST検索の実行 以下のコードにより、BLAST検索の実行が可能です。 from Bio.Blast import NCBIXML from Bio.Blast import NCBIWWW #ファイルの処理に必要なモジュールも同時に読み込んでおきます。 import io import csv #解析するための配列の入力 (アミノ酸配列の場合) input_seq = "MDMH....." #@param {type:"string"} #blastpの実行 result = NCBIWWW.qblas