Pythonでお手軽テキスト全文検索 shellinford-python の紹介 - Qiita

ちゃお……† 今回はPythonでお手軽にテキスト全文検索出来るライブラリ shellinford-python を紹介します。 こちらは@echizen_tmさんの shellinford をSWIGでPythonで動作させるようにしたのと、若干の機能追加したものです。Python環境さえあれば簡単にシンプルな全文検索出来るのでお手軽かと思います。 FM indexとは バイオインフォマティクスなんかで使われる検索アルゴリズムです。わたしが説明するより良い説明を見つけたので以下に引用します。 シークエンサーのデータを解析するとき、リードをリファレンス配列にマッピングすることが第一歩である。一般にシークエンサーのリードは数百万個以上で、また、リファレンス配列の塩基数は数億にも及ぶ。これらの数百万のリードを、数億塩基からなるリファレンス配列にマッピングする際に、高速な文字列検索アルゴリズムが