読んだ。 Bioinformatics(2009)25(22):2906-2912. コピーナンバー(CNV)、発現データ(mRNA)、メチル化などのオミックスデータで、症例数 に対してパラメータ数 のデータ行列が複数ある。 各々の実験を勝手にやるのは、それはそれでいいが、CNV、発現、メチル化、プロテオームetc と 種類のいろいろなデータを取ったら、統合して考えたいと思うのは自然な発想である。 ここで、 次元のデータ行列 が、適当な係数行列、latent と呼ばれる、裏で共通して存在しているであろう(だが、観測はできない)因子 と誤差 を用いて として を求めたい。 iCluster パッケージにある。 あるオミックス実験(gene exprssion とか)は の行列データをヒートマップ化して、階層的クラスタリングで系統樹を書くことが多いが、 個のオミックス実験で 症例たちがk-me