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Dockerfileでプライベートリポジトリからレポジトリをclone。 わかります？？ 以下の記事を参考にしました。 vsupalov.com 通常このように書けばいいと思われがち。 というか自分はこれでいいと思っていた。 ARG SSH_PRIVATE_KEY RUN mkdir /root/.ssh/ RUN echo "${SSH_PRIVATE_KEY}" > /root/.ssh/id_rsa # [...] RUN rm /root/.ssh/id_rsa やっていることはいたってシンプル。 SSH_PRIVATE_KEYとしてコンテナ作成時に秘密鍵を渡すだけ。 甘い。甘すぎるよkimoton。 何がまずいの？？ 試しに上記のやばいDockerfileを使用して、以下のようにイメージを作成してみる。 SSH_PRIVATE_KEYはdocker buildコマンドの実行時に-

Dockerfileを見ていて Dockerfileでは、以下のように指定することが多い。 うん。割とどのDockerfileでもこうやっている。 RUN apt-get update && apt-get install -y \ aufs-tools \ automake \ build-essential \ curl \ dpkg-sig \ libcap-dev \ libsqlite3-dev \ lxc=1.0* \ mercurial \ reprepro \ ruby1.9.1 \ ruby1.9.1-dev \ s3cmd=1.1.* \ && apt-get clean \ && rm -rf /var/lib/apt/lists/* apt-get updateでパッケージの更新を行って、 apt-get installでパッケージのインストールを行って、 && a

Dockerの繁栄により、昨今全く脚光を浴びることがなくなったVagrant Support Hyper-V provider within WSL by chrisroberts · Pull Request #9943 · hashicorp/vagrant · GitHub 18日前にVagrant v 2.1.2がreleaseされ、上記のissueが対応された。 Vagrantに使用する仮想化技術としてWSLからHyper-Vが使えるようになったらしい。 これまではわざわざパワーシェルを立ち上げる必要があった。 試してみよー。 動作環境 Windows10 pro Ubuntu 16.04 インストール バイナリのソースを落としてきてdpkg installコマンドでインストール。 $ wget https://releases.hashicorp.com/vagrant/2.1

GW始まってしまいましたね。 ブログの更新をだいぶ怠っていたので、ちゃっかり更新させて頂きます。 今日はPythonでscRNA-seq解析。Python実装のscRNA解析ツールといえばScanpyがまず思いつきます。 Seuratに比べてそこまで使われていない印象ですが、機能的には十分すぎる上にチュートリアルも充実してるのでPythonユーザーにはこちらの方が扱いやすいかもしれません。 Let's scanpy! Scanpyとは Scanpyはsingle-cell RNAの発現量データを解析するためのツールです。 データの前処理、可視化、クラスタリング、疑似系譜解析、発現変動解析なんかが可能です。 Seuratを踏襲しているのか、ところどころでSeuratぽさが散見されます。 論文はGenome Biology誌に2018/2/6にpublishされています。 2019/2/5にv

本日Dockerを使用していて、 ユーザーディレクトリをマウントしたまま夢の $ rm -rf / を試しに行いましたところ。 ユーザーディレクトリ以下がすべて消えたkimotonです。 これまでWSL + wsl-terminal + bashを使っていたのですが、そろそろモダンな環境への憧れが止まらなくなってしまいました。 ユーザーディレクトリ消したついでにここは環境を丸っと変えてしまおうと思ったわけです。 前提条件 WSLの有効化 Ubuntuのインストール は済んでいるものとします。 Hyperのダウンロード github.com ここからexeファイルがダウンロードできます。 インストールが済むと、C:\Users\{ユーザーディレクトリ}以下に.hyper.jsが作成されます。これがHyperの設定ファイルです。 Hyperの素晴らしいところは設定ファイルがこの1つで済むところ

いやいや何が決まり！だよ、全然決まらねーよっていうタイトルすみません。 キャッチーなタイトルをつける検証をしています。 きっかけ 自動コード整形ツール。弊社では全く導入されていない。 何故か。 知らないからだ。 vimプラグインと手作業での修正という現状だ。 これはどげんかせんといかん。 代表的なautopep8、yapf、blackについて、社内で布教したいので調べてみた。 着目すべきは、 コード整形の精度（ある程度のflake8準拠） 設定のしやすさ（+ あんま設定いじらなくて済むか） 勢い（githubスター数） 各ツールのテストにはautopep8が提示している以下のサンプルコードを使用した。 import math, sys; def example1(): ####This is a long comment. This should be wrapped to fit wit

アンダースコアなのかアンダーバーなのか そんなことはどっちでも良い。 問題はpythonでアンダースコア（アンダーバー）がよく登場することだ。 お品書き。 1つのアンダースコアから始まる属性名（_var） 2つのアンダースコアから始まる属性名（__var） 1つのアンダースコアで終わる属性名（var_） 2つのアンダースコアから始まり、2つのアンダースコアで終わる属性名（__var__） アンダースコアだけ（_） 属性っていうと、メソッドと変数の両方をさせるらしい。 1つのアンダースコアから始まる属性名（_var） PEP8 _single_leading_underscore: weak "internal use" indicator. E.g. from M import * does not import objects whose name starts with an unde