cBioPortalのがんゲノムを可視化してみた - Qiita

この記事はbioinformatics2019アドベントカレンダー用の記事でした 今年はじめてbioinfoアドベントカレンダーに登録したのですが、全く間に合いませんでした。 すっかり穴を開けてしまいましたので、できたところまで公開します。最後の方におまけもあります。 mutations RNA expression, Copy number coadreadのメチル化 なお、この記事は必ずしも学術的に正確なものではなく、プログラミングの楽しさやグラフの美しさを主題に焦点を当てたものですのでご容赦ください。詳しい人のツッコミは歓迎します がんゲノムのデータがなかなか手に入らないと思ったら がんのゲノムがどうなってるか知りたい人はたくさんいると思います。でも実際には、なかなかがんのゲノムを観察するわけにはいきません。それにはいくつかの理由があります。まず、がんは人間の体の一部です。患者さんが

[jsstudy]

"cBioPortalはAPIも提供しており、APIにアクセスすることで効率的にデータを検索することができます。dockerを使えば簡単にcBioPortalサーバーを起動できますので、そうやって使えば大量アクセスを気にする必要もありません。"

[maketexlsr]

可視化ってコンテキストが大事だなーと思った(ぶち壊し