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この記事はPerl Advent Calendar 2017の14日目の記事です。 先月始めにアドベントカレンダーを知ったのですが、どの記事も面白くてためになりますね！ その流れをぶった切って、Bio::Perlの苦い経験を書いてみました。 序盤の文章は、ほぼPerlと関係ありません。 ニッチな分野でにっちもさっちも行かなかった、消化不良な結果であることをご了承ください。 解決策がもらえると嬉しいです！ 始めに 現在、バイオインフォマティクス1という名のもとに、Ensembl2から取得したラットの塩基配列3のうち、snoRNA4群をNCBI5のサイト6でブラスト7しています。 今回は、ブラスト対象、被ブラスト対象がどちらもラットの塩基配列8でなければなりません（重要）。 この全自動化を試してみました。 理想郷 PlantUML文 以下、各アクションについて説明します。 1. Ensembl

始めに 学生時代にPerlを始めて数年経った程度の人間が、Perlについて如何に無知であったか、戒めと反省の意を込めて書いておきます。 この記事は、次のような方向けです。 Perlなんて楽勝 Perlなんて見るのも嫌 また、この記事で言いたいことは、次の2つです。 思い上がりは良くない Perlが悪いわけではなく、Perlを書く人間が悪い この文章を読むための前提知識 この反省文を読むために必要な知識です。 ですが、難しいことは何もありません。 「初めてのPerl」とは 初めてのPerl（以下リャマ本）は、オライリー・ジャパン社が発行した、Perl初心者のための入門書です。 原書は英語版であり、上記の本は日本語訳版です。 英語版は第7版が最新版として存在しますが、日本語訳版は第6版が最新版です。 「続・初めてのPerl」とは 続・初めてのPerl（以下アルパカ本）もまた、オライリー・ジャパ