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はじめに 分子動力学における近接粒子リスト(Verlet listとも)の構築をするコードを論文[1]に記述されているGrid search methodに基づいて実装した。C++で実装したのち、CUDAとthrustを用いてGPUでも動くようにした。ソースコードはここにある。 この記事ではCUDAとthrustでどのように実装したかについて説明する。 分子動力学法のアルゴリズムについてはkaityo256先生が分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その1から分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その5にまとめているのでそちらを見てからのほうがわかりやすいと思う。 Verlet listのことは Wikipediaや分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その2を参照。 Grid search methodは分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その3を参照。 Grid search met