第六回： 生命科学でインディ・ジョーンズしよう！！（完結編）
細胞工学連載コラム「生命科学の明日はどっちだ？」目次 第六回： 生命科学でインディ・ジョーンズしよう！！（完結編） 前編のあらすじ 生命科学者たる者，毎日淡々と実験にいそしんでいるように見えても，その魂の底には冒険野郎が住んでおり，いつかは隠れた財宝ならぬ生物学史上に残るような発見をしたい，と夢見るのが性というものである．だから，もし宝の地図<数理モデル>が手に入ってしまったら旅に出るしかない．しかし，未知への旅は誰しも不安なもの．「そんなこと本当にできるのか？」「危険な賭けなんじゃないの？」とのご心配，ごもっともです．そんな皆さんのために，Turing理論という地図を手に宝探しの旅に出た筆者の実体験を例に，数理モデルの有効な利用法を解説しています．前編では，実験生物学者のほとんどがTuring理論を信じていないことを知り，一度あきらめかけるも，Turing理論の語り部と出会い再び冒
STAP問題が照らし出した日本の医学生物学研究の構造的問題: 小野昌弘のブログ Masahiro Ono's blog
在英研究者、ユニバーシティ・カレッジ・ロンドン(UCL)で研究室を主宰。免疫学者／皮膚科医。本ブログおよびツイッター(@masahirono)では、主に英国事情、政治社会などについて私見をつぶやいています。研究用ホームページはこちら 本日４月１日、通称STAP問題についての理研の調査委員会の報告があった。理研がどれだけ真摯に問題解決にあたるかはまだこれからの対応を見なければ分からないが、そもそも問題についての認識がずれているように思ったので、ここに思う所を書いた。 今回の事件で、STAP論文はNatureに載りながら実にずさんな研究であったことが暴露されてしまったわけだ。理研、著者たちに個別的な問題は勿論あろうが、些末で表面的な騒動に目をとられて、根底にある構造的問題が隠れてしまっている。 よく誤解されているので、STAPの著者と権利について明瞭にしておきたい。Natureの２論文が、もし
確率概念について説明する（第2回）：そもそも「可能である」とはどういうことか？ — 可能世界論 - Take a Risk：林岳彦の研究メモ
どもっす。林岳彦です。さいきん軽い気持ちで某国際誌の総説論文の査読を引き受けたのですが、「どんな論文だろ？」と思いつつ査読対象の原稿をいざダウンロードしてみたら本文100頁アンド全体300頁もある超長尺の総説であることに気づき、「殺す気か！」「査読テロやで！」と思いました。 いやでもまじで300頁もレビューするの？ この悲しみをどうすりゃいいの？ 誰がぼくを救ってくれるの？ この世はまさに大迷惑？？？ というかんじです。もう街のはずれでシュビドゥバーです。 いやもうホントに「レビュワー感謝の日」みたいの作ったほうが良いよね。 というわけで。 今回から、確率概念について説明していきたいと思います。 （今回も非常に長い記事になってしまいました。すみません。。。） 確率という概念の「規格」について、様相論理を経由して説明します 前回の今シリーズの概要説明の記事で書いたように、まずは、確率という概
STAP細胞はあったのか？ | 科学コミュニケーターブログ
Tweet キメラマウスになった細胞は、本当にSTAP細胞だったのか？ 科学の視点からすると、一番の疑問はこれになるかと思います。「STAP細胞は本当にあったのか」と言い換えてもいいでしょう。 Nature誌2014年1月30日号に掲載されたSTAP細胞の論文をめぐって、さまざまな疑義が生じています。筆頭著者の過去の論文にも疑義が生じており、その多さに、STAP細胞の存在そのものが疑われているような状況になっているのも、残念ながら事実です。 現在、筆頭著者の所属機関である理化学研究所(理研)をはじめ、関係する機関がそれぞれ独立に、疑義に関して調査をしていると表明しています。 私たち未来館の科学コミュニケーターは、指摘されている疑義に関して、それが不正であるかどうかを判断できる立場にはありません。しかし、倫理的な問題の大きさは別として、疑義の中には、STAP細胞の実在を根本から揺るがすものと
論文ねつ造で辞めた東大教授「福島で（反省）ボランティアの日々」（フライデー） @gendai_biz
「両親が福島県出身ということもあり、被災地の役に立ちたかった」と語る加藤氏。東大農学部出身だ〔PHOTO〕吉田暁史 「毎晩酒びたりで、アル中の一歩手前まで落ち込んだこともありました。いまでも精神安定剤がないと眠れないほど、動揺しています。とにかく申し訳ない気持ちでいっぱいです」 東京大学・分子細胞生物学研究所元教授の加藤茂明氏(54)は、本誌の取材に涙ぐみながら頭を下げた。「東大開学以来、最悪の不祥事」といわれる論文改ざん・ねつ造問題の責任者である。 7月25日、東大の内部調査委員会が、加藤氏のグループの論文165本のうち、43本にデータの使い回しや合成の疑いがあると発表した。本誌が入手した調査資料には、「明らかな改ざん・ねつ造」「悪意をもって多重使用した可能性が高い」という報告が並んでいる。加藤氏は日本を代表する分子生物学者であり、一連の研究には20億円を超える公的研究費がつぎ込まれてき
Daily Life:クレジットと盗用
March 14, 2014 クレジットと盗用 最近研究における盗用の問題が世間で話題になっているようなので、この機会に、かつて『応用倫理学事典』（加藤尚武編、2007年、丸善）の項目として書いた「クレジットと盗用」という文章を以下に転載する。実際に掲載されたバージョンは字数制限の関係上この半分くらいに削られているので、以下は「長いバージョン」である。もっと簡潔な解説をもとめる方は『応用倫理学事典』を参照されたい。 文中でも触れられる捏造と改竄については次項参照。 ****** 研究者倫理において、捏造や改竄と並んで代表的な悪事とされるのが盗用(plagiarism)である。アメリカ政府の公正研究局(Office of Research Integrity)では三つの頭文字をならべてFFPとよび、研究上の不正行為とはこの三つであるという狭い定義を用いている（山崎2002、ステネック2005
ＳＴＡＰ細胞 確信なくなった NHKニュース
理化学研究所などのグループが発表した「ＳＴＡＰ細胞」について、共同研究者の山梨大学教授が１０日、ＮＨＫのインタビューに答え「研究データに重大な問題が見つかり、ＳＴＡＰ細胞が存在するのか確信がなくなった」として論文の取り下げに同意するようほかの著者に呼びかけたことを明らかにしました。 「ＳＴＡＰ細胞」は、神戸市にある理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーなどのグループが作製に成功したと科学雑誌「ネイチャー」に発表し、新たな万能細胞として注目を集めました。 しかし、そのあと論文に不自然な画像やデータがあると研究者からの指摘が相次ぎ、理化学研究所などが調査を進めています。 これについて、論文の共同著者の１人でＳＴＡＰ細胞の万能性を調べる重要な実験を担当した若山照彦山梨大学教授が１０日、ＮＨＫのインタビューに答えました。 この中で若山教授は「信じていた研究のデータに重大な問題が見つかり、ＳＴ
STAP細胞の非実在について＃５ | kahoの日記 | スラド
とりあえず論文が撤回の方向に進んでいるようでいくらか安心しました． 真相の解明までいくか分かりませんので，10%程度の安心ですが． 誤解を受けないように明記しておきますと，今日までこの解析を行うにあたって私は一切の圧力も感じませんでしたし，協力してくださった皆さんのおかげで大変助けられました．頭に血が上った上に何の制限もなかったおかげで，周りが見えなくなって大失敗もしましたが． 一段落したことで今回がSTAPについて書く最後になるかと思います．今回の大本のメディアからも問い合わせを受け，本名を出しても構わないと返答しましたので，これからはコメントをするとしても公式な手続きを踏んだものになるかと思います． ”input”の解析でまだここに書いていなかったものとして，CNV（copy number variation）解析を最後に書き留めます． これはChIP-seqの”input”データとい
「非難されない論文を」若山教授一問一答 - 社会ニュース : nikkansports.com
画像や表現に不自然な点があるなどと指摘されている新たな万能細胞「ＳＴＡＰ細胞」の論文について、共著者の一人、若山照彦山梨大教授が１０日、取材に応じた。 一問一答は次の通り。 －撤回を呼びかけたきっかけは 「ＳＴＡＰ細胞の論文に（小保方晴子氏の）博士論文の画像が転用されている可能性があることが分かり、信用できなくなった。今日の午後、メールで撤回を呼びかけた。理化学研究所幹部からの後押しもあった」 －致命的な問題か 「ＳＴＡＰ細胞がたくさんのものに分化できることを示す論文の根幹となる写真なのでショックだ。ほかにも、もろもろのミスが指摘されている。ＳＴＡＰ細胞が何だったのか分からなくなってしまう。信じたい気持ちもあるので、いったん（論文を）取り下げ、誰からも非難されない論文を出したほうがいい」 －自身は研究でどういう役割を果たしたのか 「小保方さんから渡されたＳＴＡＰ細胞を使い、マウスを誕生させ
無能な研究者のずさんな仕事……なのか？ 除草剤アトラジン問題のゆくえ - HONZ
除草剤アトラジンをめぐる長年の論争がひとつの山場を迎えているようで、『ニューヨーカー』の２月１０日号にホットなレポートが載っていました。アトラジンは日本でも使われている除草剤でもあり、今後の成り行きが注目されます。 が、今回の記事はアトラジンの性質というよりもむしろ、医薬品や農薬などの安全性を調べている科学者が、その製品を製造販売している企業にとって好ましくないデータを出してしまったらどうなるのか－－しかもそこに巨額の金が絡んでいるときには－－という、われわれとして知っておくべき残念な事実に関するものでした。 除草剤アトラジンの問題は、両生類（とくにカエル）の内分泌学を専門とする、タイロン・ヘイズという研究者を抜きにしては語れないようで、『ニューヨーカー』の記事もヘイズを軸として展開されていました。 ヘイズは、サウスカロライナ州出身のアフリカ系アメリカ人で、彼が生まれ育った地域では、人口の
「ストレスで細胞が初期化」の衝撃 - クマムシ博士のむしブロ
酸などのストレスを与えることで細胞が初期化されるという、けっこう衝撃的な研究成果が理化学研究所らのグループにより発表された。 体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見: 理研プレスリリース 「間違い」と言われ泣いた 新型万能細胞を開発した３０歳女性研究者: 産經新聞 Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency: Nature Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency: Nature Acid bath offers easy path to stem cells: Nature ・背景 我々の体は色々な種類の細胞でできている。筋細胞や神経細胞や血液細胞とい
404 Not Found | 理化学研究所
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ニューラルネットの逆襲 - Preferred Networks Research & Development
岡野原です。Deep Learningが各分野のコンペティションで優勝し話題になっています。Deep Learningは7、8段と深いニューラルネットを使う学習手法です。すでに、画像認識、音声認識、最も最近では化合物の活性予測で優勝したり、既存データ・セットでの最高精度を達成しています。以下に幾つか例をあげます。 画像認識 LSVRC 2012 [html] 優勝チームスライド [pdf], まとめスライド[pdf] Googleによる巨大なNeuralNetを利用した画像認識（猫認識として有名）[paper][slide][日本語解説] また、各分野のトップカンファレンスでDeep Learningのチュートリアルが行われ、サーベイ論文もいくつか出ました。おそらく来年以降こうした話が増えてくることが考えられます。 ICML 2012 [pdf] ACL 2012 [pdf] CVPR
クオリアに才能を投資するべきでないと考える理由
ダニエル・デネットの「Sweet Dreams」４章のクオリア議論から。 Wikipediaや邦訳の表現はわかりづらかったので、自分の中でわかるように表してみた。 まだわかりづらいかもしれない。 ●クオリアの定義 クオリアに対する定義は、実は各個人で非常にバラバラである。 それでも、クオリアは下記のようなものである、という定義はおおよそ共有されているようだ。 「クオリアは一人称視点（主観）でしか観察できず、三人称視点（客観）では観察できないもの」 「内在的。人間に固有の属性であり、物理学的に同じ構成の人間を用意してもクオリアが発生するとはいえない」 ●よく使われる言いまわし ・我々が赤という色を見たときの質感がクオリアである。 ・生物学的に、人間の視神経や脳の基本的な構造は同じだ。 しかし、物理学的な構造が同じでも、我々が見ている赤色は、他の人が見ている赤色と違うかもしれない。あなたの横に
人はアンドロイドとどのような相互行為を行いうるか アンドロイド演劇『三人姉妹』のマルチモーダル分析 - 人工知能学会論文誌 Vol. 29 (2014) No. 1 論文特集「知的対話システム」，「近未来
When the presence and the action of an android reach to those of human, andoroid can derive multi-modal action from human. How can human parties act with the android to organize the interaction and find the android as the social actor? We observed the development process of the play ``Three Sisters, Android Version'', and analyzed the multi-modal interaction between the android and human players i
人工知能学会の表紙について、会員として調べた／考えたこと
●筆者は何者か 人工知能という広大な研究領域の一角で、ヒューマンエージェントインタラクション（HAI）という研究分野を行っている研究者の一人です。HAIを簡単に述べますと、人と、人に見えるような「エージェント（ロボットや、仮想エージェント）」との相互作用を扱う学問です（実際はそれに限りませんが）。 その意味で、今回の表紙の件については、非常に興味を持って見守っています。 今回の件について様々な意見が出ていますが、会員の意見はあまり表に出てきていません。その結果、いくつか事実と異なる点が議論されていたり、曖昧になってしまっていたりする点があります。会員として気になる点もあるので、現状で知っていることを述べることにしました。 ただし、私は今回の会誌の編集に関わったわけでもありませんし、人工知能学会を代表する立場でもありません。わかっていないことも多いです。あくまで、一会員の意見として考慮頂けま
ヒッグス粒子ってなあに？
このファイルは 高校生程度の知識を持っている人向けに、図とアニメーションで「ヒッグス粒子って何なのか、を雰囲気だけでも理解してもらおう、という意図で作りました。 数式などは使っていませんが、 ヒッグス粒子って何なのか、を理解するために必要なのは、 です。実はこれは、数式を操って物理を理解することよりもずっとずっと難しいことかもしれません。 では、その１から挑戦をはじめましょう。 なお、ファイル中で このような枠と緑の字で示したのは実際にこのファイルを元に講演した時に出た質問 であり、 このような枠と赤の字で示したのはそれに対する答 です（ただし、質問も答も実際のままではなく、編集してあります）。 android(2.1以上）をお持ちの方は、アプリ化したもの（apkファイル）を右のアイコンからダウンロードできます（apkファイルには、Q&Aの部分は入っていません）。 プログラムについて御質問
利根川教授ら「偽の記憶」形成に成功 NHKニュース
マウスの脳を刺激して、実際に体験したこととは違う「偽の記憶」を作り出すことに成功したとする研究報告を、アメリカ・マサチューセッツ工科大学の利根川進教授らのグループが発表し、注目を集めています。 この研究を行ったのは、昭和６２年に日本人で初のノーベル医学・生理学賞を受賞した、マサチューセッツ工科大学の利根川進教授と理化学研究所のグループです。 研究グループはまず、記憶をつかさどる「海馬」と呼ばれる部分に光を当てると、直前に記憶したことを思い出す、特殊なマウスを作り出しました。 そして次のような実験を行いました。 まずマウスを安全な箱の中に入れ、その場所の様子を記憶させます。 そして、このマウスを別の場所に移したあと、脳に光を当てて、直前にいた安全な箱の様子を思い出させながら足に電流を流し、２つの記憶が結びつくようにしました。 すると、このマウスは、安全な箱の中に入れても、身構えておびえるよう
言語的ビッグ・バン
歴史上はじめて、学者たちが言語の誕生を目撃している ―― ニカラグアのろう[聾]の子どもたちによって創造された複雑な手話システム ギリシャの歴史家ヘロドトスがエジプトを旅行中に、プサメティクスという名の王によって計画された奇妙な実験のことを耳にした。その詮索好きの専制王は、ヘロドトスは書いている、２人の幼い男の子を人里離れた屋敷の内に高い壁で閉じこめるよう命じた。少年たちの口から出てくるなんであろうと、それはわれわれの種族の根源の言葉――他のすべてのものの鍵であろう、と王は考えた。ヘロドトスの述べるところでは、結局子どもたちは、フィリギア人の言葉でパンをさす“ベーコス”と叫んだ。フィリギア語が優越していることを示していることに加えて、その王の調査は、自身の生きる手段だけで放置しておいても、子どもたちは長く言葉なしではおれないことを証明した。われわれはお喋りという贈り物と共に生まれるのだ、
猫は人間を操っている？ 鳴き声の研究で明かされたポイントは「低い声」。
飼い主であるはずの人間が、実は猫の声によって操られていた――。そんな研究結果が英国で発表された。同研究によると、猫が何らかの要求をする際、意図的に「低い声」を出して人間の注意を惹きつけ、人間がその声を無視できない心理作用を利用しているという。 この研究は、英サセックス大のカレン・マッコム博士（生物学）らが行い、7月14日発行の専門誌「カレント・バイオロジー」で発表したもの。マッコム博士は、自身が飼っている猫が毎朝のどを鳴らして同博士を目覚めさせることから、「なぜ喉を鳴らすのがうるさく聞こえ、無視し難いのか」という疑問を抱いたそうだ。猫を飼っている人たちに話を聞くと、同様に感じている人がいるのが分かったため、今回の研究を始めた。 マッコム博士らは、10匹の猫が食べ物を探して活発に動き回った際と、それ以外の時の鳴き声を飼い主に録音してもらい、猫を飼っていない50人に聞かせて印象を尋ねた。 その
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