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  【Linux】遺伝統計ソフトPLINKでeQTL解析 - Qiita

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  • qiita.com/fogdiffusion
  • テクノロジー
  • 2020/04/01

  はじめに 最近、遺伝統計ソフトのPLINKを使い始めた。 この本を参考にPLINKの使い方を勉強。 ゼロから実践する　遺伝統計学セミナー この本はWindows用に書かれているので、Macでのやり方を備忘録的に書いていく。 今回は、PLINKでeQTL解析をやってみた。 参考 PLINKの基本的な使い方、GWAS解析方法は以前に投稿済み 【Linux】遺伝統計ソフトPLINKを使ってみた 【Linux】遺伝統計ソフトPLINKでGWAS 使うデータ bed|bim|fam形式ファイル SNP_QC.bed SNP_QC.bim SNP_QC.fam SNPをフィルタリング済みのファイル 表現型ファイル Exp_BLK.txt BLK遺伝子の発現量データ eQTL解析では、遺伝子発現量という量的形質に対して解析するため、線形解析を行う。 使うコマンド一覧。 --pheno：GWASに使う表現

  
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  plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート２ - バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析（GWAS)

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  • eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com
  • 学び
  • 2021/06/28

  plinkの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ 使用するRのパッケージ: tidyverse, dplyr, cowplot 使用するRのコマンド: read.delim, read.csv, colnames, merge, ggplot, plot_grid この記事を読むと何ができるようになる？ plinkを使ったGWAS解析の演習を行います。この記事は前回の続きです。 Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いします。 フォローする @harrykun_blog 前半では、国際的なヒトゲノムプロジェクト(1000 Genome Project)から遺伝子型データと出身地データを取得し、plinkを使って集団間の遺伝的距離と地理的な距離を主成分分析(PCA)を行いました。今回は、PCA結果をプロットした図をRを使って作成し

  
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  コマンドラインの接続ツール Plink を使う

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  • www.ranvis.com
  • テクノロジー
  • 2020/07/14

  前へ | 目次 | 索引 | 次へ Chapter 7: コマンドラインの接続ツール Plink を使う 7.1 Plink を起動する 7.2 Plink の使い方 7.2.1 Plink をインタラクティブログインで使う 7.2.2 自動化した接続に Plink を使う 7.2.3 Plink のコマンドラインオプション 7.3 Plink をバッチファイルやスクリプトで使う 7.4 Git で Plink を使う 7.5 Subversion で Plink を使う 7.6 CVS で Plink を使う 7.7 Using Plink with WinCVS Chapter 7: コマンドラインの接続ツール Plink を使う Plink は UNIX の ssh に似たコマンドラインの接続ツールです。よくある用途としてリモートサーバ上の CVS リポジトリへのアクセスのような自動

  • windows