世界中のコンピュータを集めて、新型コロナウイルスの治療法開発に役立てる
コンピュータシミュレーションで新型コロナウイルスの治療法の開発に役立てる...... Maksim Tkachenko-iStock ＜分散コンピューティングプロジェクトFolding@home は、新型コロナウイルスの解析に着手し、余剰となっているCPUやGPUの処理能力の提供を世界中に広く呼びかけている......＞ 米スタンフォード大学を中心とする分散コンピューティングプロジェクトFolding@home（フォールディング・アット・ホーム）は、2020年3月、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の解析に着手し、余剰となっているCPUやGPUの処理能力の提供を世界中に広く呼びかけている。 世界中のコンピュータの処理能力を結集して、様々な疾病の治療に寄与 Folding@homeは、2000年10月の創設以来、分散コンピューティング技術により、オンラインで接続された世界中のコンピュ
なぜバイオインフォマティクスの解析はタダではないのか - こんな時間ですがパスタを茹でます
この記事は Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html の日本語訳です。ところどころ意訳していますが、主旨は変えていません。 This article is translated from “Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics” http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html . I would like to thank Dan for his great and important blog post! == NGSの発展は遺伝学の分野にとって大きな助けになってい
Genomic Analysis with Hail on Amazon EMR and Amazon Athena | Amazon Web Services
AWS Big Data Blog Genomic Analysis with Hail on Amazon EMR and Amazon Athena UPDATE: Hail version 0.2 (stable) represents over a year of great work by the community. It includes new capabilities, numerous fixes and improved performance. We’ve updated the CloudFormation template in this post to allow you to launch an Amazon EMR cluster with Hail v0.2. Genomics analysis has taken off in recent year
ゲノムスタートアップのAWAKENS、シード資金を調達——500 Startups Japanやエムスリー、ライフサイエンス系著名エンジェル投資家らが参加 - BRIDGE（ブリッジ）テクノロジー＆スタートアップ情報
左から：CTO 沼倉健介氏、CEO 高野誠大氏、COO 松田祐太氏 シリコンバレーを拠点に、フルゲノムデータを活用したサービスおよびリサーチプラットフォームの構築を目指すゲノムスタートアップの AWAKENS（アウェイクン）は22日、シードラウンドで資金を調達したと発表した。このラウンドのリードインベスターは 500 Startups Japan で、エムスリー（東証：2413）と日本医療機器開発機構のほか、鎌田富久氏（TomyK）、西野恒五郎氏（マーソ）、北野宏明氏（ソニーコンピュータサイエンス研究所代表取締役社長兼所長）を含む複数の個人投資家が参加した。調達金額は不明。AWAKENS では調達した資金を活用し、ゲノム統合型サービス開発用ソフトウェア「GENOME LINK」の開発を加速させ、日本内外での法人パートナー企業との連携構築を進めるとしている。 AWAKENS は、医療ベンチャ
Genome Biz Meetup 2017｜IT勉強会・イベントならTECH PLAY［テックプレイ］
イベント内容 4.5兆円のゲノム時代に向けて、ゲノムビジネスの未来を描く ゲノムテクノロジーとは、生物の遺伝子配列情報を解析する技術で、創薬研究からヘルスケア、動植物の育種、食品の品質管理、生物由来新素材の開発、地球外環境調査と、身近なモノから宇宙まで、幅広い分野で利用されています。 医療の分野では、個人の遺伝子情報「パーソナルゲノム」を用いて、個々の体質や病状に適したアクションを選べる個別化医療が注目されています。癌のゲノムタイプに合わせて効果的な薬を投与したり、原因不明の病の新生児を1週間で診断することが可能となってきました。 また、ヘルスケアの分野では、生まれ持った体質に適したフィットネスや食事を提供するサービスや、腸内や皮膚に住む微生物情報から菌活に繋げる取り組みも行われています。 ゲノムが身近になることで、従来の暮らし方、従来の医療は大きく変わろうとしています。 ゲノムテクノロジ
共同発表：プロテオーム統合データベースｊＰＯＳＴを開発～アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート～
ｊＰＯＳＴ（Ｊａｐａｎ ＰｒｏｔｅＯｍｅ ＳＴａｎｄａｒｄ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ／Ｄａｔａｂａｓｅ注１）、http://jpost.org/）は、京都大学を中心としたオールジャパン体制で開発が進められているプロテオーム注２）統合データベースです。国内外に散在している種々のプロテオームデータを標準化・統合化・一元管理したもので、多彩な生物種・翻訳後修飾注３）・絶対発現量注４）などの情報を含み、さまざまな解析が可能であるという特徴を有しています。 今回、ｊＰＯＳＴデータリポジトリ注５）システムを新たに開発し、全世界に向けて公開しました。本システムは、アジア・オセアニア地域における初めての国際標準プロテオームデータリポジトリであり、２０１６年度国際ヒトプロテオーム機構・プロテオミクス標準化構想会議（ＨＵＰＯ－ＰＳＩ、２０１６年４月１８－２０日、ベルギー・ゲント市）において、国際標準のデータリポジ
Interactive Analysis of Genomic Datasets Using Amazon Athena | Amazon Web Services
AWS Big Data Blog Interactive Analysis of Genomic Datasets Using Amazon Athena Aaron Friedman is a Healthcare and Life Sciences Solutions Architect with Amazon Web Services The genomics industry is in the midst of a data explosion. Due to the rapid drop in the cost to sequence genomes, genomics is now central to many medical advances. When your genome is sequenced and analyzed, raw sequencing file
Leader in the field of biophysics and computational modeling has died
Klaus Schulten, professor of physics and Beckman faculty member for nearly 25 years, has died after an illness. A memorial service will be held at 10 am Mon, Nov. 7, at St. John’s Catholic Newman Center, 604 E. Armory Ave & 6th Street, Champaign. A reception will follow in the Newman Center. Schulten, who led Beckman’s Theoretical and Computational Biophysics Group, was a leader in the field of bi
CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data - BMC Bioinformatics
CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data Software Open access Published: 13 September 2016 CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data David A. duVerle1,5, Sohiya Yotsukura2, Seitaro Nomura3, Hiroyuki Aburatani3 & …Koji Tsuda1,4,5 Show autho
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NGS data analysis - BITS wiki
Breaking the “curse of dimensionality” in Genomics using “wide” Random Forests
Tissue-based map of the human proteome | Science
The Human Protein Atlas
ProteomicsDB
かくして「プログラミング」は生物学者の必修科目となった
Evolutionary-guided de novo structure prediction of self-associated transmembrane helical proteins with near-atomic accuracy - Nature Communications
BioSharing for the NIH BD2K community
Halyard | Home
Parallelizing Genome Variant Analysis
Genome Engineering Applications: Early Adopters of the Cloud | Amazon Web Services