次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
バイオ関連の Twitter アカウント - dritoshi::Wiki
dritoshi::Wiki トップページページ一覧メンバー編集 バイオ関連の Twitter アカウント 最終更新：ID:cdbPHvUwTg 2012年01月20日(金) 17:39:49履歴 Tweet バイオ関連のついったーアカウントを集めています。ほかにありましたらご自由に追加してください。現在のところ、バイオインフォ・ゲノム・Stem関連偏っていますが、それ以外でもどんどん追加してください。公式・非公式、自薦他薦は問いません。それぞれのアカウントに説明を加えていただけるのも歓迎です。カテゴリも見やすいように変えてもらって結構です。 研究者はたくさんいるので割愛しました。有名人だけ集めてもいいのかもしれませんが、根性のあるかたはぜひお願いしますw ライセンスはCC 表示2.1 日本。ここに追記されたかたは自動的にこのライセンスに同意したものとみなします。 Twitter List
ぜひ押さえておきたいコンピューターサイエンスの教科書
僕はバイオインフォマティクスという生物と情報の融合分野で研究を行っています。東大の理学部情報科学科にいた頃は同僚のマニアックな知識に驚かされたものですが、そのような計算機専門の世界から一歩外に出ると、それが非常に希有な環境だったことに気が付きました。外の世界では、メモリとディスクの違いから、オートマトン、計算量の概念など、コンピューターサイエンスの基礎知識はあまり知られていませんでした。コンピューターサイエンスを学び始めたばかりの生物系の人と話をしているうちに、僕が学部時代に受けた教育のうち、彼らに欠けている知識についても具体的にわかるようになってきました。 バイオインフォマティクスに限らず、今後コンピュータを専門としていない人がコンピューターサイエンスについて学ぶ機会はますます多くなると思われます。そこで、これからコンピューターサイエンスを学ぼうとする人の手助けとなるように、基礎となる参
DNA Sudoku: Logic Of 'Sudoku' Math Puzzle Used To Vastly Enhance Genome-sequencing Capability -- ScienceDaily
DNA Sudoku: Logic Of 'Sudoku' Math Puzzle Used To Vastly Enhance Genome-sequencing Capability Date: June 25, 2009 Source: Cold Spring Harbor Laboratory Summary: Combining a 2,000-year-old Chinese math theorem with concepts from cryptology, scientists have devised "DNA Sudoku" -- a pooling strategy that allows tens of thousands of DNA samples to be combined and sequenced all at once. The new strate
遺伝子のプロモータ配列を簡単に得るスクリプト - Loud Minority
遺伝子のプロモータを得るだけのために、各種ゲノム配列を準備するのは面倒。NCBI のE-Utils利用すると、ゲノム配列の準備とかしなくても、プロモータ配列が得られます*1。 準備するもの ruby rubygems xmlsimple ネットワーク環境 プロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene ID(群) 使い方 引数にプロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene IDをカンマ区切りで列挙します。 以下の様にすると、3つのIgG (FCGR1A(2212), FCGR2B(2213),FCGR3A(2214))のプロモータを取得して表示します(転写開始点から上流250bp, 転写開始点下流50bpの計300bp)。 % ruby get_promoter_seqs.rb 2212,2213,2214取る領域を変更したい場合はスクリプト内のPROMLEN(取る配列の長さ)とPROMIN
新型インフルエンザもヤバいが人類もすげぇぞ（バイオ的な意味で）！！ - ミームの死骸を待ちながら
さて、メキシコ発の豚インフルエンザのパンデミック警戒フェイズが、4(人から人への感染が確認される)からフェイズ5(広い地域で人から人への感染)に引き上げられた。 残るフェーズは、「現実に世界的に大流行している」という、フェーズ６しかない。フェーズ６は、いわば世界戦争が始まった状態だ。 緊急提言 「新型インフルエンザ」感染地域が急速に拡大中 日本も水際阻止ができるかどうかの瀬戸際で、感染の疑いがある高校生に詳細な検査*1が行われるなど殺気立っている（ちょうどコレを書いているときに報道されてる） 国内で初めて、新型の豚インフルエンザの疑いがある患者が見つかったと発表した。 朝日新聞デジタル：どんなコンテンツをお探しですか？ 豚インフルエンザについて BBC News の投書欄が怖すぎる件について - elm200 のノマドで行こう！ 日本を新型インフル渦に陥れる毎日新聞の無責任体制 - ken
Systems Biology: Networks @ CSH 雑感 - Loud Minority
Cold Spring Harbor Laboratory のミーティングシリーズの一つ、Systems Biology: Networksに行ってきました。基本的にClosedなミーティングなので、ここでは、論文として公開されている情報にポインタが張れるレベルの内容を記載します。（興味がある方は、私が理解した＆覚えている範囲でお伝えしますので、個人的に連絡ください。CSHのミーティングでは、personal communicationでの伝達は認められています） 私自身は主として生命科学に応用を持つアルゴリズムやソフトウエアの開発が主な研究対象なので、Systems Biologyを専門にしているわけではありません。そういう意味で、今回のミーティングは、私の研究にぴったり合っている内容ではありませんでした。それでも、自分が開発した手法がどのように活かせるか、どのような手法を開発するのが良
Microarrayの教科書 - respiceの日記
少し古いがとても良い教科書。NCIのRichard Simonらの統計家による、数学は最小にして、適切な説明。偽陽性のコントロールについて丁寧に説明してある。 Design and Analysis of DNA Microarray Investigations (Statistics for Biology and Health) 作者: Richard M. Simon,Edward L. Korn,Lisa M. McShane,Michael D. Radmacher,George W. Wright,Yingdong Zhao出版社/メーカー: Springer発売日: 2004/01/20メディア: ハードカバーこの商品を含むブログ (2件) を見る Allisonらによるレビューもコンパクトにまとまっている。 Microarray data analysis: from d
バイオのデータベースを使う人、使われる人、使えるのかどうかわからない人。 - ミームの死骸を待ちながら
去る1月23日、AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)勉強会に参加してきた。 AJACS7 - MotDB 統合データベース講習会：AJACS長津田 開催 - 統合ぐらし(2009-01-23) 以前坊農さんのラボ(?)に突入したときのレポートは以下。もう半年近く前なのか...。 ライフサイエンス統合DBプロジェクトの中に乗り込んできた - ミームの死骸を待ちながら 内容としては、黒川先生と中村先生のプレゼンを挟みつつ、 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB ここの使い方を紹介していく形。以下、メモ。 スケジュール 午前：講演＋講習 10:30-12:30 時間 講演者 所属 題目 10:30-11:00 坊農秀雅 ライフサイエンス統合データベースセンター 「統合データベースプ
【レポート】BSCS 2008 - スパコンで切り拓く生命科学の将来 (1) BSCS 2008が開催 | エンタープライズ | マイコミジャーナル
スパコン能力を引き出すためのチームを設立 次世代スーパーコンピュータ(スパコン)の開発と並行して、グランドチャレンジに選定したアプリケーションの開発が進められている。その1つであるバイオアプリの開発拠点である理化学研究所(理研)は、2008年12月25日、26日の両日にバイオスーパーコンピューティングシンポジウム(BSCS) 2008を開催し、バイオアプリケーションの開発状況を発表した。 バイオの対象である人体は、ナノメートル以下の分子レベルの振る舞いから、メートル級の人体まで9桁以上のサイズの範囲がある。分子レベルでは量子力学的な計算が必要となるが、人体全体を量子力学的モデルで解くことはいくらコンピュータが進歩しても追いつかないし、また、その必要もない。ということで、アプリケーションの研究開発は、分子スケール、細胞スケール、そして臓器全身スケールという3つチームで行われている。 それに加
ゲノム言語ATGC
ゲノム的にGCリッチなほうがいいだろうということで0と1にg,cをそれぞれ割り当てて数字を表現するようにしてる。exitコマンドには終止コドンを割り当てようかとも思ったが、なんとなくaaaにしてみた(polyA)。 しかも（というか当たり前だけど）blastでホモロジーサーチがかけられるし、multifastaにしておけばソース管理もできるうえに、データベース化してインデックスはっておけば、NCBIのツール群でコマンド一発で取り出せる。 ただ今回作ったHELLO_WORLDの配列はblastnだといい感じにヒットしなくて悲しかったので、blastxかけたらブラックコットンウッドからなんかひっかかった。 >gb|ABK94795.1| unknown [Populus trichocarpa] Length=229 Score = 33.5 bits (75), Expect = 5.9 I
An idea: Twitter as a tool to build a protein-protein interactions database
In this post I describe the idea about how http://twitter.com could be used as a tool to build a collaborative database of protein-protein interactions. This idea was inspired by the recent creation of http://twitter.com/omnee: Omnee is said to be the "first organic directory for Twitter which you can control directly via your tweets": Using a tag-based structure in your tweets this gives you the
バイオ系雑誌に載った機械学習/計算機科学の解説記事 - Loud Minority
主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系）の人が、ゲノム解析などでどうやって利用されているのかを知るのに良いとおもう。追加する記事募集です。 決定木の解説 What are decision trees? Carl Kingsford & Steven L Salzberg Nature Biotechnology 26, 1011 - 1013 (2008) http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/abs/nbt0908-1011.html EMアルゴリズムの解説 What is the expectation maximization algorithm? Chuong B Do & Se
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
http://spreadsheets.google.com/pub?key=tQ5PDSBsSTkLXhDQFugandg&output=html
NCBIの構造ツールを使いこなす
http://togotv.dbcls.jp/movie/090617PyMOL_f.html
http://itoshi.tv/d/?date=20081231
Local blast の使い方〜ダウンロード編〜
DNA folding, in detail
