新線新宿駅都営新宿線にはS01、京王新線にはKO01の駅番号がある。当駅は、正式には新宿駅の一部とされる。しかし、かなり離れている上に、改札なども新宿駅本体とは別個にある為、別駅の様に扱われている。「新線新宿駅」という駅名は通称だが、京王電鉄目線で見れば、新宿駅本体側のホーム（以下便宜上、元祖新宿駅と呼ぶ）と区別する必要がある為、この通称が使われる。一方、都営新宿線では当駅を単に「新宿駅」と呼ぶ。 当駅があくまで新宿駅の一部だという事は、1～3番線が元祖新宿駅、4～5番線が当駅に割り振られている事からも分かる。駅番号も、元祖新宿駅と共通。更に、元祖新宿駅にある3番線の南端付近からは細い連絡通路が伸び、これが改札内で当駅とも繋がっている。当駅は甲州街道に沿って東西方向の地下にあり、その西側に「新都心口」、東側（元祖新宿駅と近い側）に「京王新線口」として改札口が用意されているが、3番線から伸びる細い連絡
