gibbs sampling3月に入って netwalker を購入しました。 電車通勤の時間を利用してコードを書きたいなと思っていたのですが、なかなかよろしい感じです。 といってもキーボードは使いやすいとは言い難く、長いコードは書きたくないですが... ということで、netwalker で作成したプログラム第一号を公開します。 第一号は gibbs sampling を使ったモチーフ抽出アルゴリズムの実装です。 前々から gibbs sampling について調べてはいたのですが、適度な練習問題が無く実装はしていませんでした。 今月になって購入したバイオインフォマティクスの数理とアルゴリズムにちょうど良い例があったので、それを実装してみました。 そもそもモチーフって何という話ですが、一言で言うとタンパク質の配列パターンの事を指すそうです。 私は専門ではないので詳しい事は分かりませんが、ここでは与えられた複数のタンパ
