RによるHeatmapグラフの作成 - 霧笛望のもったいない開発保管庫
手順距離関数Dist()で類似度を求め、hclust()でクラスタリングし、heatmap()のColv,Rowvオプションにdendrogram()を指定して出力する。プログラム例 library(amap) # Heatmapグラフ作成 # # ファイルの読み込み data <- read.table("test.txt", header=TRUE, row.names=1, sep="\t") # # PDFに出力する pdf() # # 距離関数で類似度のアルゴリズムとしてCosine係数を使用する # (method="pearson")は(1 - cosine)と同義である d1<-Dist(data, method="pearson") d2<-Dist(t(data), method="pearson") # # クラスタリングでAverage Linkageを使用する c
R言語プログラミング： クラスター分析 - k-means - hamadakoichi blog
4/17(土)の第３回 データマイニング+WEB 勉強会＠東京 (Tokyo.Webmining#3)での私の一つ目のトーク「1. R言語による クラスター分析 - 活用編 (60分)」の一部関連内容です。当日は、全体像も含め分かる形の講義資料で話します。 当日、USTREAM配信も行う予定ですので、興味のある方はぜひご覧下さい。 第３回 データマイニング+WEB 勉強会＠東京 (Tokyo.Webmining#3) : ATND ※内容記述に関して粗い部分も、追って洗練します。 k-means k-meansは、クラスター分析の非階層的手法で代表的な手法。 現実のクラスタリングでもk-meansが使われることが多く、実用的な手法。 ※階層的手法の対極にある「非階層的手法」(分割最適化手法とも呼ばれる)。詳細は次エントリを参照：「はじめてでもわかる R言語によるクラスター分析」 ※アルゴリ
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