ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション | 酵母とシステムバイオロジー
Nanoporeシーケンサーは、DNAを一分子ずつ小さな穴（nanopore）を通し、AGCTの塩基が通る際の電流変化の違いを利用してDNAの塩基配列を解読しようとする、次次世代（？）のシーケンサーです。DNAを断片化して大規模並列に解読する、いわゆる「次世代シーケンサー」に比べると、配列解読の方法はとても直感的でわかりやすい。いよいよDNAを一本ずつ読む夢に見た時代が到来した、という感じでしょうか。 さらには、Nanoporeシーケンサーの中でも現在最も小さなMinIONは、USBでPCにつながる「お手元シーケンサー」であるという驚くべき特徴もあります。初めにその話を聞いたことがある人は、「そんなデバイスで本当にシーケンスができるのか？」と疑ったことだと思います（私は疑いました）。それが、３年くらい前から実際に研究者によって使われるようになり、現在では（多分）それなりに多くの人が使ってい
研究開発クラウドの衝撃 - 1クリックでビッグデータ解析環境を展開できるクラウドでオープンイノベーションを加速 - 日経ビジネスオンラインSpecial
機能不全になった臓器を再生させる再生医療は、今までの治療では対応困難だった疾患に対する新しい治療法として期待が大きい。国際競争も激しさを増す中、日本では2023年までに代表的な疾患について臨床応用を終えるというロードマップを作成している。 国立研究開発法人 理化学研究所（以下、理研）情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットでは、二階堂愛ユニットリーダーのもと、iPS 細胞からつくった臓器などの安全性や有効性を測定する「 Quartz-Seq（クォーツセック）法」を開発。現在、理研内外の研究者と Quartz-Seq 法を使ったコラボレーションを進めている。 理研内の研究者には、Quartz-Seqが出力するビックデータの解析環境を所内のコンピュータで提供しているが、問題は理研外の世界中の研究者にどのように同様の環境を提供していくか。そこで二階堂氏らが着目したのがクラウドの
de Bruijn Graph を使った de novo アセンブリの発想がすごい件 - ほくそ笑む
Velvet や ABySS などの代表的な de novo アセンブリツールでは、アルゴリズムに de Bruijn Graph というのを使っているそうです。どうやってアセンブルしているんだろう？と興味を持っていたので、元ネタの An Eulerian path approach to DNA fragment assembly を読んでみたんですが、その発想のすごさに度肝を抜かれました。せっかくなので、ここで簡単に説明してみたいと思います。 ケーニヒスベルクの橋 まずはグラフ理論の説明から。グラフ理論は、18世紀にオイラーという数学者が「ケーニヒスベルクの橋」という問題を解くために考え出したといわれています。 「ケーニヒスベルクの橋」は、次のような問題です。 18世紀の初めごろにプロイセン王国の首都であるケーニヒスベルクという大きな町があった。この町の中央には、プレーゲル川という大き
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