世界を襲った謎の機械細胞群「ワーム」は、人類軍の最終破壊兵器により壊滅した。しかしその代償は大きく、地球の陸地の50%以上が水没した。そして3年後、殲滅したと思われていた敵の群体が、ミッドウェイ沖にて確認される。 真偽を確認するため、現場へと向かう1隻の航空巡洋艦「攻龍」。そして「攻龍」に搭載された対ワーム専用戦闘兵器、飛行外骨格「ソニックダイバー」。桜野音羽、園宮可憐、一条瑛花の3人は、人類の未来と希望を乗せ、ソニックダイバーで大空を駆る。 西暦2074年。3年前に世界を襲った謎の機械細胞群「ワーム」により人類は人口の3分の1を失うものの、人類軍の最終破壊兵器により壊滅した。 それから10年の年月が過ぎた。桜野音羽、園宮可憐、一条瑛花の3人は神奈川県横須賀市追浜[注 1]の基地[注 2]に集められる。そこで目にしたものは今までの戦闘概念を根本から覆す新兵器、飛行外骨格「ソニックダイバー」