phred によるベースコール
[系統解析のための色々] phredによるベースコール オートシーケンサから得られるデータは塩基配列そのものではなく、多くの場合各塩基に対応した波長光のシグナル強度の時間的変化を記録した波形ファイルとなっている。シーケンサの制御ソフトが標準でそのデータから塩基配列を読み出す(この操作をベースコールと呼ぶ)ものもあるが、エラーの有無を確認したり、信頼性を評価するには直に波形ファイルを扱った方がよい。 ここでは、優秀なベースコールソフトウェアであるphredを利用して日立製スラブゲル型オートシーケンサSQ-5500から得られるSCFファイルと、AppliedBiosystems製キャピラリ型オートシーケンサPrism 310および3730xlから得られるAB1ファイルからベースコールを行い、phredが出力するベースコールの信頼性と波形を同時に参照しながら配列を確認・編集するまでを説明する。S
phred/phrap/consedを使う
phred/phrap/consedは米国ワシントン大学のProf. Phil Greenのプロジェクトで誕生したソフトである．ABIなどのオートシーケンサーのファイルからのベースコール（純正のベースコールよりも正確という），配列の連結（アセンブル），元の波形データを参照しながらのコンティグの編集という，買えば数10万円以上する高機能ソフトウエア一式が，アカデミックユーザーには無料で試用できる．ただし，アカデミックユーザーにはバグレポートが義務付けられている． インストールから始めるときにはこのまま，システム管理者からアカウントをもらってインストール済みのシステムを利用するユーザーは ４．ユーザー側の設定 以降を参考にされたい．ユーザー側の設定も誰かにしてもらった場合には５．ベースコールとアセンブル以降を参考にされたい． １．ソフトの入手 http://www.phrap.org に入手の
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