RによるHeatmapグラフの作成 - 霧笛望のもったいない開発保管庫手順距離関数Dist()で類似度を求め、hclust()でクラスタリングし、heatmap()のColv,Rowvオプションにdendrogram()を指定して出力する。プログラム例 library(amap) # Heatmapグラフ作成 # # ファイルの読み込み data <- read.table("test.txt", header=TRUE, row.names=1, sep="\t") # # PDFに出力する pdf() # # 距離関数で類似度のアルゴリズムとしてCosine係数を使用する # (method="pearson")は(1 - cosine)と同義である d1<-Dist(data, method="pearson") d2<-Dist(t(data), method="pearson") # # クラスタリングでAverage Linkageを使用する c
