文字化けしてしまうのは、ドキュメント作成用のテンプレートに charset=iso-8859-1 と書かれているためです。 これを解消するためにテンプレートを編集します。 テンプレートは、 \phpDocumentor\Converters\HTML\frames\templates\default\templates 以下の *.tpl ファイルがそうです。 \phpDocumentor\Converters\HTML\frames\templates\default\templates\media 以下にCSSファイルもあります。 これらを変更してデザインの変更もできます。 文字化け対策として、 のファイルを開いて、 charset=iso-8859-1 → charset=euc-jp に変更しましょう。 (phpdocumentor 1.23 の場合。以降バージョンで変更の可能性あ