File メニューの Open Recent で Clear menu を実行するとクリアされるようですね。その場では消えませんが、いったん終了して次回の起動時には消えています。 プロジェクトファイルは自分で保存場所を決めているのではないのですか? それをFinderで消せばよいだけだと思います。 Buildの中間ファイルなど、標準では ~/Library/Developer/Xcode/ の中に残っているようです。プロジェクト名で確認して要らないものは削除してしまえば良いです。Xcode 3まではプロジェクトフォルダー内に中間結果も保存されたので、プロジェクトフォルダーを捨てるだけできれいになったのですけどね。
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