国際開発会議DBCLSバイオハッカソン2010開催のおしらせ - 研究開発創作日誌
来る２月８日から１２日に東京にて国際開発会議DBCLSバイオハッカソン2010を開催いたします。初日の８日にはシンポジウムを開催し、のこりの日程で開発会議をおこないます。参加者募集中です。 ライフサイエンス統合データベースセンターでは、ライフサイエンスのデジタルリソースの統合化をおこなっています。その達成のためにいままでにオープンソースソフトウェアと公共サービスを活用する統合環境の開発や先行研究のサーベイのために国際開発会議バイオハッカソンを２００８年から開催しています。Open Bio*ライブラリによるライフサイエンスウェブサービス相互運用性の標準化にとりくんだバイオハッカソン2008、実問題でのアプリケーションにとりくんだバイオハッカソン2009を開催してきました。今年は、セマンティックウェブ技術による生物学的知識の取り扱いをテーマに開催するは運びとなりました。 データの質の多様化と量
オープンソースで学ぶ バイオインフォマティクス - 東京電機大学出版局 科学技術と教育を出版からサポートする
はじめに この本を手にとっているあなたは，バイオインフォマティクス（生物情報学）が情報技術を使って生物の謎に迫る研究分野である，ということはすでにご存知のことでしょう。その代表的な成果のひとつであるBLASTなどの配列類似性検索ソフトウェア程度であれば，インターネット上で提供されているものをすでに利用しているかもしれません。しかし，ここ数年で配列決定のスピードはこれまでと比べものにならないほど速くなっていますし，トランスクリプトーム，プロテオーム，メタボロームなど大規模なデータがどんどん得られるようになっています。 これらのデータを活用して本格的に解析を行なおうという場合には，大量のデータを1つずつウェブを使って解析していては間に合いません。自分や研究室のコンピュータを利用してコマンドやちょっとしたプログラムを活用できれば，数千から数万の遺伝子を対象とした大規模な解析や，自分の研究目的にカ
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
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