コマンドを並列に実行するGNU parallelがとても便利 - りんごがでている最近のコンピュータは複数のCPUコアを持っているので並列にコマンドを実行することができます。 たくさんの同じようなファイルに同じ処理を実行することは、私のやっているバイオインフォマティクスではよくあります。 しかし自分で並列に実行するスクリプトを書くことはそれほど簡単ではなく、ログや実行結果の確認など煩雑な処理を書かなければいけません。 この記事では、そうした処理を簡単にするGNU parallelというツールを紹介します。 GNU parallel UNIX系のOSではインストールはとても簡単です。MacでしたらHomebrewを使って、Linuxでは各ディストリビューションのパッケージマネージャからインストールできます。 詳しくはGNU parallelのウェブページを参照して下さい(http://www.gnu.org/software/parallel/)。 Homebrew: b
Use multiple CPU Cores with your Linux commands - awk, sed, bzip2, grep, wc, etc. - RankFocus - Systems and Data
