NGS Surfer's Wiki | DEGseqチュートリアル結果のイメージ 自動生成レポートのイメージ タブ区切りテキストを加工したExcel表 2サンプル間の発現量で有意差のあったものだけ"TRUE"になります。 加工方法はこちら エクセルシートの右端のリンクから、UCSC Genome Browserを起動できます。 エクセルシートでサンプル間で有意だったもののリンクを開いた例 プロット中の赤い点がDEGseqで選択可能な検定手法の一つである"FET:Fisher's Exact Test"で有意とみなされた遺伝子です。少なくとも、Technical replicateでは、有意とみなされる遺伝子が殆どないことから、このシーケンシングプラットフォームによるRNA-Seqの発現変動の検出の再現性が高いことが推察されます。 注：DEGseq内の関数では、標準でRPKM値でなく、タグカウント(遺伝子長で補正をかける前の遺伝子領域に張り付いたタグ数)を
http://r.livedocs.net/bioconductor/degseq.html
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