ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ
From Evernote: ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ 個々のツールにも可視化の機能があるが、ここではゲノムの可視化を専門とし、特定のアプリケーション(RNA-seq, ChIP-seq, microarray, CNV など) に依存せずに、汎用的に活用できるパッケージを紹介する。 GenomeGraphs Plotting genomic information from Ensembl http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomeGraphs.html 既知のゲノム・遺伝子構造などを Ensembl biomart から biomaRt を使って取ってきて、いろいろなプロットできる。もちろん自分の実験データ(シーケンスや microarray など)のプロットもできる。
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Justus-Liebig-Universität Gießen
