RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way
RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq
パックマンの挑戦 － PacBioシークエンサー
PacBioシークエンサーONLYの日本で唯一のブログ 2012年1月～今 PacBio以外のことも書いてます。最近は非モデル生物系がマイブーム 今日はお酒の話。みなさんはお酒飲みますか？飲むとしたら何が好きですか？ ビール、ワイン、日本酒、焼酎、泡盛、ウイスキー、カクテル、ハイボール、、、 私はビールはスタウト以外なら何でも。ワインは詳しくないけど甘すぎなければ何でも。日本酒はこだわりないけど甘くないやつなら何でも。焼酎はお湯割りが合うなら何でも。泡盛はサンエーに売っているようなお手頃なものしか飲んだことないけど、今のところ何でも。 基本だいたい何でもいけますが、これも前の会社、トミーデジタルバイオロジーにいたおかげです。いい意味で（重要）。 でもウイスキー飲めるようになったのは比較的最近です。海外のひとと飲むと途中からウイスキーになることがあるんですが、彼ら薄めないんですよね。基本ス
ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ 2020年のイルミナ新製品は、NextSeq1000・2000でしたか。 そうですかー、ミドルサイズのシークエンサーをバージョンアップしたんですね。 私は正直、もっとハイエンドのクラスを行ってくるかと思っていたのですが、ベンチトップクラスを狙ってくるとは。でも、だんだんと種類が増えてきて、エ
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