dbclsとngsに関するyag_aysのブックマーク (1)

  • これまでの活動のまとめ(9月第1週の勤務) - 放牧ライフ

    これまで行ってきた事が乱雑になっていたので,結果をまとめてみる. 目的 次世代シークエンサ(データベースSRA)の論文とそのSRAの実験IDを対応づける事.ただ,SRAが出来る以前は次世代シークエンサの実験結果がGEOに登録されていたので,SRAとGEOの両方を抽出する. 今回行った事 これまで解析をした結果の中で,以下の3つの結果をまとめる. 1. illuminaとRoche (454)のpublication listにある論文リストに対して解析した結果 2. PMCに登録されている論文に対して,クエリを投げて取得した論文を解析した結果 3. PubMedのMeSHに検索を掛けた結果 1. illuminaとRoche (454)のpublication listからPubMedの論文リストを作成したもの ファイル名:illumina -> pmid2sra.illumina.100

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