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algorithmとsearchに関するysano2005のブックマーク (2)

  • suffix array

    更新履歴 2004/01/07  O(N) 構築アルゴリズム三種追加(Ko &Alulu, Kim & al., Karkkainen & Sanders) Suffix Arrayは、最近注目を集めているデータ構造です。その理由として、 (1)大規模なデータに対して、高速に検索、情報抽出を行うことができる (2)BWTとしてデータ圧縮に用いることができる。 ことが挙げられます。(1)に関しては自然言語処理において、膨大な量のコーパスから情報(例えば、単語の出現回数など)を調べるときににSuffix Arrayを用いると非常に高速に求めることができます。 膨大な量のコーパスに基づいた自然言語処理が盛んになってきている今、Suffix Arrayが注目を集めています。 また、ゲノム情報を調べるバイオインフォマティクスにおいても、ここの配列と似ている部分(例えばCCAG)を調べるといった場合

  • Burrows Wheeler Transform と Suffix Array - naoyaのはてなダイアリー

    ,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.___,,,... -ァァフ|          あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ! |i i|    }! }} //| |l、{   j} /,,ィ//|       『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ、_ノ/ u {:}//ヘ |リ u' }  ,ノ _,!V,ハ | /´fト、_{ル{,ィ'eラ , タ人        な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /'   ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽトiゝ        おれも何をされたのかわからなかった… ,゙  / )ヽ iLレ  u' | | ヾlトハ〉 |/_/  ハ !ニ⊇ '/:}  V:::::ヽ        頭がどうにかなりそうだった… // 二二二7'T'' /u' __ /:::::::/`ヽ /'

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