最近Pythonを使って、特定のmicroRNAが結合するSeed配列をmRNAの配列中から探索して、さらに種間保存性や配列の特徴を解析するスクリプトを思いつくままに書いたのですが、 実行してみて、そのスクリプトがやたら遅いことに気づきました(-_-;) 「1つのmiRNA vs すべてのmRNA」のペアで3時間以上かかる…。すべてのmiRNAとすべてのmRNAの組み合わせを実行したら、いったい計算に何ヶ月かかるんだろうってレベルです。 スクリプトはこちら。 github.com そこで、スクリプトのどの部分が計算上ボトルネックになっているか調べてみることにしました。POSTDに掲載されていたPythonにおけるコードプロファイリングのお話があったので早速試してみました。 postd.cc 上記の記事でも説明されているように、 PythonにはcProfile (pythonのcProfi
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