人工DNAを複製可能な生物ができた！ | Chem-Station (ケムステ)
先日の「つぶやき」で、ポリメラーゼで高精度複製可能な人工DNA塩基対の創製と、天然を凌駕する人工核酸アプタマーの創製に関する研究をご紹介しました。いずれも『DNA塩基の種類を増やすことで、自然界に無い機能拡張を行える』という仮説に端を発した取り組みです。 とはいえ、これらのお話は全て試験管内（in vitro）で行われたもの。次なる目標は、いよいよ生命体内部（in vivo）で人工DNAの複製を行わせることにあります。 このたび米国スクリプス研究所・Romesberg率いる研究チームが、人工塩基対含有DNAを複製可能とする大腸菌の創製に成功し、見事Nature掲載の栄誉を獲得しました[1]。 世界最先端で繰り広げられる競争 以前紹介した平尾グループと今回の主役・Romesbergグループは、いずれも高性能な人工塩基対を独自開発しています。 Romesbergらの開発したd5SICS-dNa
分配係数 - Wikipedia
分配係数（ぶんぱいけいすう、英: partition coefficient）とは、化学物質の疎水性や移行性を表す指標となる無次元数である。対象とする物質が、ある2つの相の接した系中で平衡状態にある場合を対象として、各相の濃度比またはその常用対数で示す。 概要[編集] 分液の様子。上層がジエチルエーテルによる有機層、下層が水層 水と油のように混じり合わない2種類の液体を同じ容器に入れ、カフェインのようなどちらの液体にも溶ける第3の物質を加えてよく振ると、両方の液体中のカフェイン濃度の比は最初に加えた量にかかわらず一定となる。このときの濃度比を、対象となる物質の分配係数という。実際には、水と油のような液体同士の場合以外に、固体と液体の場合でも分配係数は求められる。 用いる2相が水と油の場合、分配係数は対象物質の水へのなじみにくさ（疎水性）を示す数値となる。疎水性は、薬や毒などの化学物質が生物
ホームページリニューアルのお知らせ | nite 独立行政法人 製品評価技術基盤機構
ホームページリニューアルのお知らせ（Newly redesigned NITE website has launched） ホームページリニューアルのお知らせ 独立行政法人 製品評価技術基盤機構（NITE）のホームページをリニューアルいたしました。 リニューアルに伴いURLを下記に変更いたしました。 http://www.nite.go.jp/chem/kasinn/s61/kasinhou02test3.html ※ブックマークを登録されている場合は、お手数ですが設定の変更をお願いいたします。 Newly redesigned NITE website has launched NITE website has been redesigned. According to this redesign, URL has been changed as follows. http://www.
コンピュータで分子の形を見るー2013年ノーベル化学賞薬作り職人のブログ
今日は、ノーベル化学賞の発表日。化学というとフラスコやビーカーを使った実験を思い浮かべます。しかし、今年のノーベル化学賞の舞台となったのは、コンピューターを用いた化学、「計算化学」とよばれる分野です。計算化学は薬作りの世界においても用いられているのですが、今回の受賞内容に関しては知らなかったことも多いので、ノーベル賞サイトにある解説を読んでみました。 The Nobel Prize in Chemistry 2013 - Advanced Information 「分子についての学問」である化学においては、「分子の形を見る」というプロセスが欠かすことが出来ません。分子の形を知るための実験手法としては、X線回折構造解析やNMR（核磁気共鳴法）と呼ばれる方法があります。その一方、計算化学では、分子の形を「理論に基づいた計算」で求めます。 今年度のノーベル化学賞は、大きな分子の構造・分子どうしの
【速報】ノーベル化学賞2013は「分子動力学シミュレーション」に！ | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 【速報】ノーベル化学賞2013は「分子動力学シミュレーション」に！ 2013/10/10 一般的な話題, 化学者のつぶやき 投稿者: webmaster 速報：スウェーデンの王立科学アカデミーは９日、２０１３年のノーベル化学賞のをマーティン・カープラス（仏ストラスブール大学）、マイケル・レビット（米スタンフォード大学）、アリー・ワーシェル（米・南カリフォルニア大学）の３氏に贈ると発表した。 今年のノーベル化学賞は理論分野から！3人の化学者に贈られることが決定しました。受賞理由は ”for the development of multiscale models for complex chemical systems” 「複雑な化学システムのマルチスケールモデル開発」 簡単にいえば、タンパク質や生体分子の振る舞いをコンピュータで計算しシミュレーションする方法を開発した先駆者達
2013年ノーベル化学賞は多階層シミュレーション（QM/MM計算）の３人に - 生物物理計算化学者の雛
さきほど2013年ノーベル化学賞が発表され、 Martin Karplus, Michael Levitt, Arieh Warshel の３人が「for the development of multiscale models for complex chemical systems (複雑な化学系のマルチスケールモデルの開発に対して)」の仕事で受賞しました。 受賞した３人とも分子動力学シミュレーションで世界的に使われているプログラムパッケージ「CHARMM」の開発に携わっています。（私はCHARMMは使ったことが無く、あまり詳しくはないのですが） ちなみにCHARMMと双璧をなすもう一つの有名なプログラムパッケージ「AMBER」の開発者である Peter Kollman は既に亡くなられており、もしご存命でしたら今回受賞されていたかもしれません。 マルチスケール（多階層）モデルのシミュ
IUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry: The IUPAC International Chemical Identifier (InChI)
The IUPAC International Chemical Identifier (InChITM) is a non-proprietary identifier for chemical substances that can be used in printed and electronic data sources thus enabling easier linking of diverse data compilations. It was developed under IUPAC Project 2000-025-1-800 during the period 2000-2004. Details of the project and the history of its progress are available from the project web site
朝日新聞デジタル：微生物でレアメタル回収 芝浦工業大・山下教授ら - テック＆サイエンス
回収されたレアメタルのセレン（矢印）と微生物の電子顕微鏡写真＝山下光雄教授提供 【合田禄】微生物を使って工業廃水に含まれるレアメタル（希少金属）の一つ「セレン」を回収する技術を、芝浦工業大の山下光雄教授らが開発した。集めたセレンは資源として利用できるため、事業化が期待される。 セレンは銅鉱石などに少量含まれるレアメタル。太陽光パネルの原料や、ガラスの着色・脱色剤として使われる。水に溶けると毒性があり、摂取しすぎると神経障害などを引き起こす。 山下教授らは、セレンを精錬する工場近くの汚泥の中から、水に溶けたセレン酸や亜セレン酸をセレンに変える微生物を発見。工業廃水の中で培養したところ、７８・８％のセレンを回収することができた。 続きを読む関連記事南ア株 景気減速と裏腹の上昇6/14（アフリカはいま）砂漠化がテロを生む 消える村、流れる若者5/26（ニュースがわからん！）携帯電話やゲーム
化学物質だけでiPS細胞を作る！マウスでなんと遺伝子導入なしに成功 | Chem-Station (ケムステ)
わたしたち人類は、化学の方法論が確立して以来、多種多様、膨大な数の分子を見つけ、また新たに合成してきました。この広大な化合物空間に不可能を可能に変える奇跡の組み合わせがいまだ眠っていると考えられています。 遺伝子導入なしにiPS細胞を作る。今まで多くの人が、それは難しいだろうと考えていました。導入する遺伝子を一部だけ代替したり、あるいは作成効率や作成時間を改善したりすることはできても、全部ひっくるめて取りかえる条件はそう簡単には見つからないし、そもそもあるかどうかも分からない、と。 そして、化学物質だけでiPS細胞の作成を達成。そんな、驚愕の成果[1]が公表されました。山中因子4つのいずれも使用せず、したがってウイルスを使うなど遺伝子導入なしに、マウス体細胞からiPS細胞の作成に成功したようです。7種類の化合物を使った場合は効率0.2パーセントであり、効率はさらに10分の1未満に下がるもの
pychembldb
Classifiers Development Status 2 - Pre-Alpha License OSI Approved :: MIT License Operating System MacOS :: MacOS X POSIX Programming Language Python Topic Scientific/Engineering :: Chemistry pychembldb is a Python interface for ChEMBLdb Requirements Python 3.7 or later (not support 2.x) MySQL-python >= 1.2.4 or psycopg2 >= 2.5.1 SQLAlchemy >= 1.3.1 ChEMBLdb and Python version pychembldb-0.1.x supp
佐藤健太郎「歴史を変えた医薬品」 第2回 医薬のあけぼの メルマガ「現代新書カフェ」 | 現代新書カフェ | 現代ビジネス [講談社]
医薬はいつ誕生したか 現在、日本の平均寿命は82歳を超えている。身の回りで40代以下の若い人が亡くなることを、今や我々はほとんど経験しない。 だが、ほんの100年ほど前には、日本人の平均寿命は現在の約半分に過ぎなかった（1921-1925年の平均寿命は、男性42.06歳、女性が43.20歳）。新生児の6～7人に1人は、3歳までに亡くなるという時代であった。 成人後も、結核などの病気により、若くして世を去る人は少なくなかった。たとえば樋口一葉は24歳、正岡子規は34歳、夏目漱石は49歳で、それぞれ病のために世を去っている。明治や大正に生きた人々にとって、死は現代の我々が感じているよりずっと身近であり、いつ自らの身に降りかかってもおかしくないものであった。 さらに縄文時代まで遡ると、平均寿命はせいぜい15歳程度に過ぎなかったと推定されている。現代の感覚ならば、ちょっと病院に行けばすぐ治る程度
京大、オンラインで講義を無料公開 「edX」に国内初参加
オープンソース教育プラットフォーム「edX」に、日本の大学として初めて京大が参加。講義を無料公開する。 京都大学は5月21日、非営利のオープンソース教育プラットフォーム「edX」に、日本の大学として初めて参加し、講義を無料公開すると発表した。 edXは、米ハーバード大学とマサチューセッツ工科大学（MIT）が昨年5月に共同で設立したプラットフォーム。両大学のほかカナダのトロント大学、中国の北京大学、韓国のソウル大学など世界のトップ27大学が参加している。 京大は「KyotoUx」として参加。まずは、上杉志成・物質-細胞統合システム拠点副拠点長による講義「生命の化学： Chemistry of Life」を来春から配信する予定で、今夏から受講の募集を始める。 東京大学は2月、大学講義のオンライン公開事業を展開する米Courseraと協定を結び、今秋をめどにオンライン講座配信の実証実験を行うと発
The 'chemputer' that could print out any drug
When Lee Cronin learned about the concept of 3D printers, he had a brilliant idea: why not turn such a device into a universal chemistry set that could make its own drugs? Professor Lee Cronin is a likably impatient presence, a one-man catalyst. "I just want to get stuff done fast," he says. And: "I am a control freak in rehab." Cronin, 39, is the leader of a world-class team of 45 researchers at
洗剤を入れたアルミ缶が電車内で爆発 | Chem-Station (ケムステ)
ケムステニュース 洗剤を入れたアルミ缶が電車内で爆発 2012/10/21 ケムステニュース, 化学一般, 安全・規制 コメント: 0 投稿者: ペリプラノン 以前ドライアイスをペットボトルに入れて遊んでいたところ爆発して大けがをしたというニュースを取り上げたことがありますが、今度は洗剤で爆発のニュースです。お隣の国では予想もしないような色々なものが爆発するそうですが、こちらは化学反応が引き起こしたもののようです。 ２０日午前０時１５分頃、東京都文京区本郷の東京メトロ丸ノ内線本郷三丁目駅のホームに停車中の電車内で、都内に住む２０歳代の飲食店アルバイト女性が持っていた業務用アルカリ性洗剤の入ったアルミ缶が突然、破裂した。 警視庁や東京消防庁によると、缶を持っていた女性を含む乗客の２０～４０歳代の男女１６人が手や顔にやけどのような症状を訴え、うち９人が病院に搬送されたが、いずれも軽傷だという。
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「原子結合の変化」可視化に成功