Rでクラスター分析〜距離行列の生成からクラスタリングまで – marketechlabo
クラスター分析は 距離行列の生成（類似度行列ではない！） クラスタリングの実行 という流れになる。 それぞれのステップで、採用する 距離の種類 クラスタリングの方法 がチューニング変数となる。 この順に手順を見ていく。 行数、列数の多いビッグデータ向きのデータ形式であるMatrixパッケージに対応した距離行列についても説明する。 距離行列を生成する 類似度行列ではなく距離行列を作る。similarityではなくdistanceを作る。 直感的にはデータから距離の指標（どれだけ離れているか）ではなく類似度（どれだけ近いか）の指標を抽出し、そこからクラスタリングしたいケースが多いのだが、あくまで類似度指標に基づいた距離行列を生成するのである。 通常のdist関数では対応する距離の種類が少ないのでproxyパッケージを使う。 距離行列を生成するメソッドはdist(data, method="距離
K-means 法を D3.js でビジュアライズしてみた
クラスタリングの定番アルゴリズム K-means 法（K平均法）の動作原理を理解するために、D3.js を使って可視化してみました。 図をクリックするか [ステップ] ボタンを押すと、1ステップずつ処理を行います [最初から] ボタンを押すと、最初の状態に戻ります [新規作成] ボタンを押すと、N (ノード数) と K (クラスタ数) の値で新しく初期化します 古いブラウザーではうまく表示できない可能性があります (IE 10、Firefox 25、Chrome 30 で動作確認しています) K-Means 法とは 英語版 Wikipedia の k-means clustering - Wikipedia, the free encyclopedia の手順に沿って実装しています。 英語版の手順をザックリと書くとこんなイメージになります。 初期化: N 個のノード (丸印) と K 個の
Mahito Sugiyama
RでK-means++を実装する R に付属の関数 kmeans を使って，K-means++をなるべく高速に実装します．特に必要となるライブラリはありません． コード 検証 単純な例で速度を比較してみます．まずデータを生成します． > x <- rbind(matrix(rnorm(1e6, 0, 1), ncol=2), matrix(rnorm(1e6, 5, 1), ncol=2)) データ数1,000,000，次元数2，クラスタ数2のデータセットです． 速度は10回の平均で測ります，結果を入れるベクトルを用意しておきます． > t <- numeric(10) まずはベースライン．普通のK-meansです． > for (i in 1:10) t[i] <- system.time(kmeans(x, 2))[1]; mean(t) [1] 0.5734 # 単位は秒 次に，上に
k平均法 - Wikipedia
k平均法（kへいきんほう、英: k-means clustering）は、非階層型クラスタリングのアルゴリズム。クラスタの平均を用い、与えられたクラスタ数k個に分類することから、MacQueen がこのように命名した。k-平均法（k-means）、c-平均法（c-means）とも呼ばれる。 何度か再発見されており、まず、Hugo Steinhusが1957年に発表し[1]、Stuart Lloydが1957年に考案し、E.W.Forgyが1965年に発表し[2]、James MacQueenが1967年に発表しk-meansと命名した[3]。 数式で表現すると、下記最適化問題を解くアルゴリズム[4]。本アルゴリズムでは最小値ではなく初期値依存の極小値に収束する。 単純なアルゴリズムであり、広く用いられている。分類をファジィ化したファジィc-平均法やエントロピー法をはじめ、データ構造を発見す
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